最严重的灰指甲,在治疗上应当口服结合外用抗真菌药物,这样可以缩短病程、增加疗效。患者可以口服特比萘芬、伊曲康唑、氟康唑等抗真菌药物。一旦病情变得严重或者复杂，则应当及时治疗相应的并发症，比如女性如果因为感染真菌引起真菌性阴道炎，则应及时使用内服抗真菌药物及外洗法治疗阴道炎。平时少吃辛辣刺激的食物，忌烟酒，保持充足的睡眠，少熬夜。
严重灰指甲可以使用指甲锉去除病甲，外用药物消毒，直到新甲生成，同时还需要外用抗真菌软膏，严重还需要口服抗真菌药物，灰指甲的原因是由于真菌的不断繁殖感染引起的，因此应采用杀真菌的方法进行治疗。在治疗一周左右后会有显著改善。为了治好甲真菌病，有必要坚持服药和护理。
小孩灰指甲是由真菌感染引起的，是由指甲与甲小皮的连接处引起的。小孩灰指甲一般不适合治疗，因为服用治疗灰指甲的药物会对肝脏造成一定的刺激，如果给小孩服用了，会影响到小孩的成长和身体健康，可以使用硝酸舍他康唑乳膏或足光散浸泡脚部，这样可以起到一定的抑制作用。当小孩年龄超过16岁时，可以服用特比萘芬片或伊曲康唑片，持续服用3-6个月后，灰指甲的变化就会消失。
甲癣通常是由真菌感染引起的。它以相对较快的速度发展，易于交叉感染。皮肤和指甲变黄，变脆，容易脱落。治疗甲癣的常用药物需要用很长时间，需要2到3个月。也可以用米醋每天浸泡脚两次，每次大约半小时。平时要穿更舒适的鞋子。
除了适于外用药物治疗的甲真菌病以外，各型甲真菌病可选用系统药物治疗，主要口服抗真菌药物，光动力治疗，利用光敏剂结合一定波长的红光进行照射，产生氧自由基等杀伤病原微生物，从而达到治疗目的。离子导入是利用低电流让局部药物更好的渗透进入甲板和周围的组织提高治疗疗效，但这种方法难以穿透甲板全层。