生殖性疱疹无症状或是亚临床的无需药物治疗，有症状需要全身治疗和局部治疗。全身治疗是系统应用抗病毒药物，根据其感染的部位确定分期选择不同的抗病毒方案，出发可以口服抗病毒药物，对于严重的要进一步的进行静脉抗病毒药物治疗。
疱疹病应给予针对性治疗，以免贻误治疗时机生殖器疱疹潜伏期一般为3～14天，在外生殖器或肛门周围有群簇或散在的小水疱，2至4天后破溃形成糜烂或溃疡，自觉疼痛。腹股沟淋巴结常肿大，可以出现有压痛。病人可出现发热、头痛、乏力等全身症状。
生殖器疱疹属于单纯疱疹病毒2型，感染后会出现反复发作的情况，可以是通过性接触，也可以是接触物传播。第一次接触感染源后，通常在3-10天内发病，在生殖器上会出现小的水泡，可以是单独的，也可以是多个簇集性的水泡，只有在水泡破裂后出现了溃疡，才会出现比较剧烈的疼痛。抗病毒的药物可以按照疗程服用，但是单纯的外用药物是有一定的作用的，而且要尽快的进行治疗，尽量的隔离，以免传染给别人。
生殖性疱疹是会反复的，可能是由于平常不注意清洁卫生，或者是有不良的性生活史，导致有生殖器病毒感染而出现的生殖器疱疹，会出现有瘙痒疼痛的症状，也有可能还会出现全身发热的，平常不要吃辛辣的食物，要勤换洗内裤，注意个人的清洁卫生。
生殖器疱疹目前不能康复，只能减少发作次数。生殖器疱疹HSV病毒长期潜存于骶神经节中，每当免疫力下降时，容易形成复发。治疗以增强免疫力和抗病毒为主，平时注意加强锻炼，提高免疫力，减少复发。