肛门疣用多种局部疗法治疗。如激光、冷冻、电灼、手术切除等，局部涂药，敲开后用棉棒蘸药水涂到疣体上，每日一至两次，小湿疣二至三天即可彻底解决。平常一定要做好个人卫生的护理，注意好休息和饮食，而且不要有不洁的性生活。
肛门疣如果不治疗那绝对是不会在自己好的。该病的治疗一定要综合治疗联合用药，中西医结合标本兼治方能完全治好。建议中药外用，中医中药解湿毒、清热下火、活血化瘀、扶正祛邪软坚散结、培元固本、疏肝理气、内外结合调理，配合西药口服。只要你持之以恒坚持一定时间，就能治好。
治疗周期要看病人的严重程度，和治疗方式。尽量选择正规医院或者是国家三甲医院就诊，循序治疗才能控制病情，千万不能因为急于求医而盲目治疗，一旦用药不当或者不对症的话，就有可能造成病情加重，甚至会发展为恶性肿瘤，病人期间应该注意肛门清洁卫生，注意忌辛辣刺激食物，饮食清淡规律避免便秘。
轻微肛门疣要治疗需要具体的时间还是需要看自己的个人情况而定，不过期间的话还是要及时的采取治疗，平常的话，一定要做好个人卫生的护理，注意好休息和饮食，而且不要有不洁的性生活。
肛门疣手术后一般愈合恢复需要3-4周，注意肛门清洁卫生，可以便后清洁碘伏消毒处理伤口，应用消炎药物治疗避免炎症感染情况。可以考虑当地正规综合性医院肛肠外科复查看看，以免复发情况，建议忌辛辣刺激食物，饮食清淡规律避免便秘。
肛门疣病在临床上算是比较难以治愈的疾病了，复发率极高，尖锐湿疣治疗后复发时间集中在术后3-6个月，随着时间的延长，尖锐湿疣易复发的原因以下列因素有关.患者的细胞免疫功能异常.研究表明，肾移植手术之后长期口服排异药物的病人，艾滋病患者尖锐湿疣的发病率很高，提示免疫功能缺陷的病人尤其是以细胞的免疫机能异常者疣的亚临床感染现象.由于有HPV的潜伏感染导致非皮损区会产生新的临床皮损，激光或冷冻治疗局部去除疣体后，通过伤口溃疡周围HPV感染细胞修复伤口的上皮过程，使原有的皮损区再发生新的皮损。