扁平疣的治疗主要采用外用药物治疗和物理治疗，内用药物治疗多用于皮疹数目较多或久治不愈者，物理治疗包括冷冻、电灼、刮除和激光等，适用于皮损数目较少者。内用药物治疗，目前尚无确切有效的抗人类乳头瘤病毒治疗药物，可试用免疫调节剂；中药以清热解毒，散风平肝，散结为治则，有时可获得较好的疗效。
去除扁平疣有效的是只有极个别的长于脸上或身上的扁平疣，采用激光、冷冻等物理性治疗，直接去除即可。面积比较大，脸上、身上都有，而且超过20-30个，而且发痒，还在发展，这种情况下应该采取综合的治疗方法。
扁平疣确实有一定的复发几率的，此病是由于病毒感染引起的，存在着一定的复发几率，有很多人治疗扁平疣后没过多长时间，疣体会自行复发，对于扁平疣的治疗要除疣体，还要结合抗病毒的药物进行治疗。
如果单纯手部有少量的扁平疣，可以通过激光、或冷冻等方式祛除，也可以用火针点刺治疗，本病好发于免疫功能低下人群，所以，需要配合口服提高免疫力的药物来进行调理。至于怎么治疗最有效，需要根据个人的情况来具体分析。
去除扁平疣最有效的方法包括冷冻治疗以及激光手术治疗，也可以采取光动力疗法治疗。做光动力疗法的时候，会利用特定的波长在扁平疣的部位进行照射，利用光明药物将扁平疣部位的细胞组织进行破坏，通过身体的吞噬细胞将破坏的细胞组织清除，从而达到去除扁平疣的效果。并且也可以通过冷冻疗法或者是激光手术，将脚腕部位的扁平疣去除。脚腕部位的扁平疣经过光动力疗法治疗后，要保持局部皮肤的清洁卫生，不要抓挠局部的皮肤。
扁平疣的治疗主要采用外用药物治疗和物理治疗，内用药物治疗多用于皮疹数目较多或久治不愈者。内用药物治疗，目前尚无确切有效的抗人类乳头瘤病毒治疗药物，可试用免疫调节剂。同时还应该注意饮食健康，不要吃太多油腻的食物。