该药是用于治疗肠道和肠外阿米巴病(如阿米巴肝脓肿、胸膜阿米巴病等)。还可用于治疗阴道滴虫病、小袋虫病和皮肤利什曼病、麦地那龙线虫感染等。目前还广泛用于厌氧菌感染的治疗。这药物也通常使用于有牙周炎牙龈疼的患者和头孢类的药物联合使用治疗牙痛的药物。
在妇产科甲硝唑通常适用于厌氧菌的感染和滴虫性阴道炎的治疗，由于甲硝唑能杀灭滴虫，所以也叫灭滴灵，对于细菌性阴道炎和滴虫性阴道炎，都可以采用口服甲硝唑片，同时进行阴道上药，使用甲硝唑栓。
以消化道反应最为常见，包括常见的呕吐、恶心、食欲下降、上腹部不适，一般不会影响治疗。神经系统疾病症状可以有头痛、眩晕，偶尔有感觉异常肢体麻木，多发性神经炎大剂量的可以引起抽搐。不过都能都是可逆性的，停药后可以自行恢复。
甲硝唑片主要具有抗菌和杀虫的作用，主要用于厌氧菌的感染，比如阴道炎，还有厌氧菌导致的败血症、肠炎。芦荟胶是一种以芦荟为主要成分的功能性护肤品，具有消炎杀菌、镇痛、止血、止痒、抗过敏、促进伤口愈合、减少疤痕的作用。
甲硝唑片，原来是作为抗原虫药，对滴虫，阿米巴原虫等病原体有比较强的杀灭效果，另外还可以用于皮肤利什曼病的治疗。而且有比较强的抗厌氧菌的作用，可以用于破伤风以及盆腔炎等疾病的治疗。