治疗孢子菌毛囊炎的方法可以用药物治疗，其中包括口服的药物和外用的药物，皮损面积比较局限的需要以外用药物为主，采取药物治疗的过程是比较漫长的，病情严重的还可以进行激光治疗，注射剂治疗和中医治疗。
孢子菌毛囊炎是由马拉色菌引起的一种毛囊炎，马拉色是一种真菌感染，它的治疗首先需要口服抗真菌的药物，然后外用抗真菌的药物，抗真菌药物一般是3-4周，在治疗的同时饮食上要注意尽量少吃辛辣刺激的食物，吃药期间尽量不要喝酒。
糠秕孢子菌毛囊炎通常可以不用治疗，慢慢可以自行恢复，但是如果毛囊炎比较重，有的会引起轻微的疼痛，可以给予外用抗真菌药物，比如盐酸特比萘芬乳膏或者布替萘芬乳膏外用。严重的可以给予抗真菌药，比如伊曲康唑或者盐酸特比萘芬口服，当然有些人使用美满霉素也有效。
毛囊炎感染一般可以在医生的指导下使用碘伏溶液对局部进行消毒，然后涂抹复方多粘菌素B软膏进行治疗。
毛囊炎可能使皮肤受到了外伤，还有可能是长时间的久坐导致的，因此可需要对局部进行消毒处理，平时还需要做好局部的卫生，避免用双手去抓挠患处，以免导致感染的情况加重，还有定期的换药处理。
平时饮食要清淡，避免食用辛辣刺激性的食物。
患者有毛囊炎，可以通过药物治疗、远红外线照射等方式进行治疗。
1、药物治疗：毛囊炎是常见的毛囊炎症性皮肤病，患者可遵医嘱使用抗菌药物进行治疗，常用药物有莫匹罗星软膏、夫西地酸乳膏等。
2、远红外线照射：患者有毛囊炎，可通过远红外线照射进行治疗。该方法主要利用热光源所产生的不可见光线，作用于局部，使局部血管扩张、血流加快，促进局部新陈代谢，并加速组织的再生能力，从而提高人体抗感染能力，起到治疗疾病的效果。
