萎缩性胃窦炎一般可以进行饮食料理、药物治疗。
1.萎缩性胃窦炎的治疗方法是抑制疾病的发展，并不能完全治愈到肠化和胃癌。因此在治疗上要注意节食，避免食用生冷、刺激性的食品和过量的咸味食品。其次是要多休息，要有好的心态。
2.药物的作用是通过药物来控制病情，减轻临床的表现，对于出现恶心、呕吐、腹部疼痛、腹胀、反酸、烧心等消化道的表现，可以通过使用质子泵抑制剂和粘膜保护剂来改善。如无以上表现，可用胃复春或莫洛丹来控制。
对于慢性萎缩性胃窦炎，应选用胃粘膜保护剂和促进胃肠蠕动的药物。
出现幽门螺旋杆菌等急性病原菌感染时，可以考虑使用抗生素。可以通过呼气试验来确定。可以选择碳酸氢钠、西沙必利、铝碳酸镁片等药物。阿莫西林、庆大霉素、复方黄连素是最常见的抗生素。日常生活中要注意饮食要有规律，不要过于紧张，不要吃辛辣刺激的食物和药品，还要戒烟。
慢性萎缩性胃窦炎伴肠化及小凹上皮增生可以服用中药进行调理。这种病属于胃癌的癌前病变之一，长期进一步发展有可能进展成为胃癌。一般和个人的体质，饮食习惯以及家族因素等都有一定的关系，还应注意调整个人的饮食习惯，避免过于油腻以及辛辣刺激性食物，以清淡易消化的饮食为主。
一般情况下，萎缩性胃窦炎最好不要喝饮料。具体分析如下：
通常来讲，控制胃酸分泌，保护胃粘膜，对症处理和中药治疗是治疗萎缩性胃窦炎的基本原则。抑制胃酸分泌的药物有西咪替丁、奥美拉唑、西咪替丁等。而保护胃黏膜的药物有硫糖铝、果胶铋等。对于同时伴有幽门螺杆菌感染的患者，要同时进行抗幽门螺旋杆菌的治疗，可以使用一种或两种抗生素加质子泵抑制剂联合治疗。中医药治疗和规律的疗程治疗，对改善患者的病情有很大的帮助。
通常情况下，慢性萎缩性胃窦炎药物治疗好。
胃炎有两种类型，一种是慢性萎缩性胃炎，一种是慢性非萎缩性胃炎。慢性萎缩性胃炎是由于粘膜萎缩导致的肠上皮化生，进而发展到癌前病变，甚至是胃癌。其实，这是一个很长的过程，并不是每一种萎缩性胃炎都能发展成为胃癌。胃镜检查显示为萎缩性胃炎，最好是先做幽门螺杆菌的检查。幽门螺旋杆菌检查结果呈阳性，应在治疗胃炎的基础上进行抗幽门螺杆菌的治疗，并且至少要1-2年进行一次胃镜检查。
萎缩性胃窦炎可以通过饮食调理、日常护理、药物治疗等方式进行治疗，具体分析如下：
萎缩性胃窦炎可以口服胰酶片、多酶片等，也可以使用西沙比利、吗丁啉、胃复安等药物，能促进胃部及十二指肠的活动。肌肉注射五肽胃泌素对轻度、轻度萎缩性胃窦炎有较好的疗效；在服药的时候要加强运动，增强体质，戒烟戒酒，避免不规律饮食，饮食要清淡。