肚子疼有褐色分泌物可能是在排卵期，女性体内的雌激素含量会暂时降低，导致子宫内膜失去荷尔蒙的支撑，导致局部的子宫内膜剥落，这就是所谓的“排卵期”。还有就是盆腔炎、宫颈炎等妇科疾病，如果想要避免出现宫外孕和预兆流产，可以去医院查尿怀孕测试和抽血查人绒毛膜促性腺激素。在治疗过程中要保持良好的个人清洁和不能有性行为。
建议肚子疼有褐色分泌物的患者根据实际情况前往医院就诊检查。
如果来例假后出现棕色分泌物、腹部疼痛等症状，如果检查hcg检查结果不明显，可能与卵巢激素功能紊乱、痛经、骨盆感染有关。
如果是因为女性的卵巢内分泌紊乱，那么子宫内膜就会变得更加的稀疏，脱落的也会更多，只会出现棕色的分泌物。如果此时腹部疼痛，可以考虑是因为前列腺激素的作用，或者是因为骨盆的感染，需要积极对症治疗。
怀孕快两个月了有个褐色分泌物考虑为先兆流产的可能，及时到医院就诊，首先做盆腔彩超检查，如果彩超提示宫内早孕，并可见原始心管搏动，确诊为先兆流产，可以保胎治疗，并动态观察孕酮数值的变化及胚胎在宫内的发育情况，可以查甲状腺功能。如果彩超提示没有原始心管搏动，确定为稽留流产，可以行药物流产，药物流产前首先要完善相关检查，排除流产禁忌，因为稽留流产的风险较大，可以住院药流。
如果怀孕才一个月，现在有腹痛，腰疼及少量褐色分泌物，是少量出血的表现，现在是先兆流产的情况。首先需要抽血化验hcg及孕酮看一看怀孕以后的激素水平是否正常，再就是检查超声看一看是否是宫内怀孕，及怀孕的情况，再根据检查保胎治疗，同时卧床休息。
分泌物有腥臭味、肚子疼可能是多种原因导致的，具体分析如下：
一般是妇科炎症性疾病，如阴道炎性疾病、宫颈炎性疾病、子宫内膜炎性疾病等。患者可以通过妇科内检来初步确定患者阴道、宫颈是否有充血水肿，子宫体或双侧附件区有无压痛、增厚等症状，还需要对分泌物进行化验，确定是否有炎症。另外，如果有腹痛和分泌物臭，也不能排除是卵巢癌症、子宫内膜癌症、宫颈癌等肿瘤性疾病，需要结合具体情况进行检查。
如果肚子疼呈一过性，可能是腹壁肌肉短暂的痉挛引起的，一把很快就会缓解，不用担心。如果肚子疼时间较长，需要考虑可能是带状疱疹，主要表现为一侧腹部皮肤出现带状的水泡、皮疹，等症状，需要进行抗病毒治疗，同时要处理病变部位，缓解疼痛，预防感染；带状疱疹一般需要1-2个月才能痊愈。如果饮食不健康可能是胃肠疾病引起的建议及时就医，进行检查明确病因。