一般情况下，儿童患有脑炎会引起眼睛疼痛。具体分析如下：
通常来讲，儿童在感染了病毒、细菌、真菌引起的脑炎后，会导致颅内压增高，从而出现头痛、呕吐、嗜睡、发热、抽搐等症状。尤其是儿童颅内压增高以后会引起儿童眼睛胀痛，需要及时给予儿童降颅内压治疗，如甘露醇等。另外，还需要进行抗感染治疗，因为脑炎是导致儿童脑炎颅内压的主要原因，只有控制炎症，才能根治颅内压增高。
儿童得了脑炎以后会头疼，由于大脑内炎症就会出现水肿，会导致颅内压升高，所以就会出现持续性的头部胀痛。头痛不一定是脑膜炎的表现。头痛主要由头部血管收缩或脑血管痉挛引起，要做出明确的判断。
通常情况下，儿童脑炎好了头疼可能是脑炎的后遗症。具体情况分析如下：
脑炎是大脑实质的急性炎症，一般会出现发热、恶心、呕吐、意识模糊、头疼等症状，如果儿童之前的病情较为严重，或者未及时进行治疗，可能会出现儿童脑炎好了头疼的情况，家长可以按照医嘱给儿童使用安宫牛黄丸、清热醒脑灵丸、安脑丸等药物进行治疗。家长还可以按摩儿童的头部，缓解儿童的头疼。
脑炎患者若有头痛，一般常有全头部和额部疼痛较常见，但究竟是哪一部分，还要根据病人具体病情而定。
对于患有急性脑炎或者亚急性脑炎的患者来说，主要就是由于受到病毒感染而引起的疾病。通常脑炎的病因有多种病原体，如真菌，细菌等、病毒和其他感染引起中枢神经系统的炎性反应，则有些病人常有颅内压升高现象，以头痛、恶心、呕吐为特征的病例。另外一部分患者则是由于其他因素引起脑部受到损伤，例如肿瘤或者外伤等，所以这类病人常常出现额面部和枕部处的胀痛不适，并且持续时间较长。这类病人通常有此额部和全头部胀闷不适较多，然后病人就会由于有了这样的头疼，常使病人产生焦虑和抑郁情绪，影响病人睡眠，头疼的病人这类通常持续时间较长，而有些病人一旦疾病发展，有此持续性症状加剧时，具体哪一个地方疼痛，通常要观察病人病变在什么地方，还要根据病人具体情况而定。
脑炎头疼会持续一周左右或者两三天。
脑炎的病人如果有颅内压升高，会有头疼的感觉，这种头疼会持续多长时间取决于病人的病情，如果采取积极的药物治疗，可以缓解颅内的炎症，但是这种头痛并不会持续太久，有的病人会持续一个星期，可能只有两三天。建议患者可以及其去医院检查，因为不同的患者这种头疼持续的时间会有一定的差异。
脑炎的头痛并没有一个固定的位置，脑炎全身毒血症状有发热、头痛、身痛、恶心、呕吐、乏力。少数有出血疹及心肌炎表现。神经系统症状表现为意识障碍，脑膜刺激征。可出现颈肌及肩胛肌弛缓性瘫痪，以致头下垂及手臂不能上举，摇摇无依。脑神经及下肢受累少见。瘫痪2～3周可恢复，约半数肌肉萎缩。轻症可无明显神经症状。