毛囊炎是由毛囊内部的细菌或者真菌感染所引起来的。细菌性毛囊炎往往是由金黄色葡萄球菌或表皮葡萄球菌等化脓性细菌感染引起的，常用抗菌药膏治疗，包括红霉素软膏、百多邦软膏、夫西地酸软膏、多粘菌素B软膏、氧氟沙星软膏、鱼石脂软膏，都是可以治疗的。一旦症状加重，患者应该尽早前往医院，在专业医生的指导下进行治疗。
治疗上可以用软膏，清淡饮食，不要吃辛辣刺激性食物，不能喝酒。不可用手挤压，毛囊炎是由金黄色葡萄球菌感染毛囊引起的炎症，丘疹顶端有脓点，有瘙痒感和疼痛感。
毛囊炎早期是与毛囊口一致的红色的小丘疹，或者最初是一个毛囊性脓疱疮，随后迅速发展成丘疹性脓疱，中间会有毛发，四周有红晕，呈炎症性的表现。随着病程的延长，会有干燥结痂，大约一周左右，痂皮脱落愈合。
毛囊炎可能会反复发作，部分毛囊炎的患者甚至会发生疖和痈。毛囊炎的皮疹数目比较多，可能孤立散在分布，会有轻度疼痛的症状。一般好发于毛发比较多的部位，一般愈合后会有小片状的秃发。
常见的莫匹罗星乳膏、夫西地酸乳膏等对毛囊炎有效。
莫匹罗星乳膏、夫西地酸乳膏、甲硝唑凝胶、阿达帕林胶、红霉素软膏等软膏都可以有效的抑制毛囊内部杆菌增殖，抑制皮脂腺的分泌，破坏厌氧菌生长的环境，达到杀菌的效果，治疗毛囊炎。为了减少药物对皮肤的刺激，可以在上药之前，先使用保湿剂，增加皮肤的水合度。日常注意皮肤保湿补水。
治疗毛囊炎脱发可利用药物控制、养成良好的生活习惯等。
脱发性毛囊炎是一种炎症性疾病，本病多见于头部脂溢性皮炎，患者因感染金黄色葡萄球菌所致，可累及任何长毛的部位。临床上治疗一般外用抗生素和糖皮质激素软膏，而泛发性的损害，需口服抗生素。病情严重者，病需要糖皮质激素与抗生素融合用。如果已形成肿脓疱，患者应该在医生的指导下早日切开引流，并使用敏感性的抗生素，如此有利于治疗效果向好。患者的衣帽、毛巾、面盆禁止公用，防止接触传染。此外，还应对患者进行隔离，避免出现交叉感染的情况。
一般情况下，专业治疗毛囊炎的方法有药物治疗、物理治疗等，具体内容如下：
对于毛囊炎初期未化脓者，可以外用碘酊，也可以外用百多邦软膏、夫西地酸乳膏等。口服的抗生素有青霉素类，头孢类，大环内酯类，也可以根据药敏试验来选择。在临床上，需要结合免疫调节剂（转移因子口服液）来进行治疗。在疾病初期可以使用物理治疗，如超短波、远红外、紫外线等物理治疗。