新生儿甲状腺功能异常应采用以下方法治疗。
首先是甲状腺激素片补充和替代治疗。新生儿甲状腺功能异常包括新生儿甲状腺功能减退和甲状腺功能亢进。最常见的是新生儿甲减。儿童甲减，代谢过慢，粘液性水肿，心率减慢，影响儿童智力。甲状腺激素片应及时补充。其次，抑制甲状腺功能。甲状腺功能亢进，可能导致眼睛突出，心率过快，应积极抑制儿童甲状腺功能。建议及时到正规医院儿科就诊。
新生儿甲状腺功能异常应终身服药，定期检查。
新生儿甲状腺功能异常包括先天性甲状腺功能下降、甲状腺功能暂时下降以及甲状腺功能亢进等。如果怀疑新生儿筛查，复查甲状腺功能确诊为先天性甲状腺功能低下，应立即开始足量甲状腺激素替代治疗，并定期复查甲状腺功能，根据宝宝体重增加情况和甲状腺激素水平调整药物剂量，终生服药。暂时性甲状腺功能减退常见于早产儿，也应开始口服甲状腺激素，定期复查，等甲状腺功能恢复正常后停药。甲状腺功能亢进在新生儿期少见，一旦确诊，应积极为患儿开展口服药物治疗。
新生儿甲状腺功能异常发生后，应选择甲状腺激素片进行补充和替代治。
但治疗前，最好先熟悉新生儿甲状腺功能衰竭是甲状腺功能减退，还是甲状腺功能亢进。甲状腺功能减退时，机体代谢速度过慢，出现粘液水肿，心率减慢，影响患儿智力。因此，及时补充甲状腺激素，抑制甲状腺功能变化至关重要。部分患儿需要长期用药，此时对长期用药，有基本用药标准。
新生儿促甲状腺激素偏高的治疗方法，主要是根据甲状腺激素的水平进行选择。
1.若新生儿的促甲状腺素仅有轻微升高，则只要进行常规的检查，不需特别治疗，大部分情况下都能在一定程度上痊愈。
2.若新生儿的促甲状腺激素偏高，持续做了多项检测，出现了高的甲状腺激素，并且出现了持续不退、拒乳、嗜睡等症状时，可以口服左甲状腺素钠片、碘塞罗宁钠等。通过药物的处理，儿童的病情可以得到很好的改善。
一般情况下，新生儿促甲状腺激素偏高可以通过以下方式进行治疗。新生儿促甲状腺激素过高可能是由于体内的甲状腺激素过低，导致其甲状腺机能下降，从而导致儿童的生长发育和神经发育受到严重的损害。首先新生儿中的促甲状腺素偏高，可以通过常规的检查来进行治疗，一般不需要特别治疗。如果出现促甲状腺激素升高的情况，一定要在专家的建议下尽快就医。
这是由于母体内高浓度的促甲状腺素受体刺激性抗体经胎盘进入胎儿所致，通常在生后3个月左右逐渐缓解。小儿甲亢的处理不同于成人，在口服药、手术切除及核素碘三者中，首选为口服药，一般需口服2～3年；桥本病导致者可缩短些。疗法的选择应根据年龄、病程、甲亢类型、甲状腺大小、药物反应、有无桥本病、家长能否坚持处理等。