药物流产和人工流产相比，人工流产对于子宫内膜和身体的损伤比较大。
人工流产采用负压吸引，增加宫腔内压力，将妊娠组织吸出，可能损伤子宫内膜基底层，导致月经后期、月经量少或宫腔粘连。药物流产一般是口服米非司酮和米索前列醇，通过药物的作用，使子宫收缩，自然挤出妊娠组织。不做宫内手术，对子宫内膜和内分泌系统的损害微乎其微。即使有15%-20%左右的人药流不干净，需要再次清洗子宫，清宫手术的伤害也比人工流产小很多。所以对于没有特殊情况的患者，一般建议选择损伤较小的药流。
如果药物流产能完全将孕囊排出干净，一般不需要再行清宫手术操作，药流不需要进入宫腔操作，直接通过药物让孕囊自然从宫腔内排出，所以伤害一般比较小，那么一般人流手术比药流伤害更大。因为人流手术时，一般会用负压吸引管进入到宫腔内，将孕囊和部分蜕膜组织吸出，这时会对内膜造成一定的伤害，而且在进入宫腔操作的时候，也可能会引起盆腔感染。
目前在临床上，人流手术可以选择微创的，所以清宫要比人流伤害大一些。
对于宫腔有异常或者是做过人流后的残余物质进行清宫手术。人工流产是一种终止妊娠的手术，是指在怀孕后不能生育，必须终止妊娠。现在的人流手术都是微创的，清宫的损伤要大得多。不过随着医疗水平的不断提升，不管是做人工流产，还是做人工流产，都会降低风险，增加手术的成功率。
相对于人工流产来说，药物流产对患者的伤害并不大。
人工流产是一项有创性的手术，需要用负压吸取孕囊、血液等组织，在人工流产过程中难免会对宫腔产生伤害。而药物流产是一种可以终止怀孕的方法，是指口服药物终止早期妊娠，在药流后要到医院做B超，确定是否是子宫内怀孕后再进行药物人流。在恢复期要多休息，不要食用辣椒、大蒜等辛辣刺激的食品。
吃药和人流是属于在不同的时间段内终止妊娠的方式，二者都有一定的伤害，但无法进行统一对比。一般在孕一个月内需要终止妊娠是可以采用药物流产的方式进行，超过了一个多月时间的需要做人流来终止妊娠，无论是药流还是人流都可能对身体造成一定伤害，但二者在治疗的时间段上是有差异的，无法统一进行对比。建议到正规医院妇产科进行终止妊娠手术，术后注意卧床休息，饮食清淡营养，禁辛辣刺激，一个月内不要碰凉水为宜。
药流的危害小，人流的危害大。如果药物流产能完全将孕囊排出干净，而不需要再行清宫手术操作，那么一般人流手术比药流伤害更大。这是因为人流手术时，会用负压吸引管进入到宫腔内，将孕囊和部分蜕膜组织吸出，所以这时候对内膜可能会有一定的伤害，而且在进入宫腔操作的时候，也可能会引起盆腔感染。药流不需要进入宫腔操作，直接通过药物让孕囊自然从宫腔内排出，所以伤害一般比较小。建议患者到产科检查后，在医生的建议下选择最合适的人流方式。日常注意多休息，注意保暖，营养饮食，多吃鸡蛋和牛奶，增强免疫力。