儿童肛肠脓肿的原因可能是肠道的细菌进入到了肛隐窝内出现了感染，也可能是肛瘘出现了细菌感染造成的。
平常如果排便习惯不是很好导致肛隐窝出现了积粪的现象，容易繁殖大量的细菌感染从而出现肛肠脓肿，而且肠道内的细菌如果进入到了肛瘘处，也会引起感染导致肛肠脓肿。
肛肠脓肿需要积极配合医生利用抗感染的药膏治疗。
肛周脓肿是由复杂的原因引起的，直肠周围的钢管或软组织以及周围空间的细菌感染。还应该注意个人卫生。目前，注意个人卫生，少吃刺激性食物。还要养成一个良好的排便习惯。
盆腔脓肿形成的病原体多为需氧菌、厌氧菌、淋球菌、衣原体、支原体等，而以厌氧菌为主，盆腔脓肿常是急性输卵管炎治疗延迟或反复发作及在应用宫内节育器等后发生，应及时到正规的专科医院进行治疗，以免耽误病情。
婴儿肛周脓肿还有两个原因：粪便压迫儿童的骶骨，骶骨的弯曲尚未形成。直肠和肛管垂直。粪便直接压迫齿状线肛管的肛窦，容易造成肛窦损伤和感染。儿童肛门周围尿布皮炎引起毛囊、汗腺和皮脂腺感染引起的皮下脓肿。此外，免疫功能低下、抵抗力差、皮脂腺分泌相对较强的婴儿也容易引起肛周皮下感染和脓肿。
肛周脓肿是肛门直肠周围感染性疾病，主要原因是肛窦感染，炎症顺着括约肌间隙扩散，组织坏死形成脓肿。这类感染发作之前大都有两个突出因素，一是腹泻，导致肛管水肿，肛窦充血糜烂，炎症从该处形成，深入。