肾囊肿会影响肾功得能。肾囊肿直径在4cm以下的单纯性肾囊肿不会对肾脏功能造成影响。如果囊肿比较大直径超过4cm，压迫肾脏，则会对肾功能造成一定影响，但是影响也并不大。是如果是肾盂旁的肾囊肿压迫肾盂造成肾积水，或者是囊肿伴有感染后就会对肾脏功能造成明显的影响。需要在控制感染前提下进行手术治疗，解除对肾盂的压迫，缓解肾积水的问题。
肾囊肿五公分可以手术，因为肾囊肿没有其他的治疗方法，想治愈只能是手术治疗。肾囊肿一般超过四公分就可以手术治疗。如果有腰部的酸胀，或者有活动后的不适症状可以手术。但是如果患者已经年龄超过70岁，囊肿直径五公分，完全可以不手术，不需要治疗。
肾囊肿容易导致肾功能异常，或是破裂出血等并发症的，如果肾囊肿是良性的病变，如果较小，是无需治疗的，定期复查就可以了，如果较大超过5cm，是需要考虑手术的。
肾脏囊肿是和先天性有关，囊肿治疗需要依据囊肿大小情况的，如果比较小，有可能自行吸收了，也不会有什么症状，也不影响什么的，不需要用药，定期复查就可以小囊肿定期复查看就可以了，如果比较大压迫肾脏引起肾功能肾实质异常或者感染严重是考虑切开引流的。
肾囊肿及伴囊壁钙化的情况，不能自愈，囊肿吸收萎缩后出现的囊壁钙化的情况，也是囊肿萎缩及恢复过程中的一种自愈现象。只要肾囊肿钙化后无肾功能异常和尿液发生变化，可以不做处理，注意观察和复查，没有不适也不做治疗处理。
当肾囊肿的直径超过3-5厘米的时候，将会对身体造成一定的伤害，手术切除囊肿刻不容缓。肾囊肿手术就是将囊肿的液体抽出，由原针头注入甲醛溶液，内囊摘除后，外囊残腔用双氧水杀死头节，再用生理盐水冲洗，不用担心，肾囊肿切除是微创手术，没有危险。
