牙齿矫正没有什么危害，只是有部分并发症，初期或导致不适。牙根会变短，因为正畸时在牙齿移动的过程中，有些破骨细胞要把牙槽骨杀伤，可能在杀伤牙槽骨时，并不知道杀伤的是牙槽骨或者是牙根。如果矫治力量大或者患者是易感体质，可能有些患者在矫正后牙根会变短，牙齿可能就不是特别牢固；在矫正过程中，很多患者，本身的卫生习惯不太好，刷牙时间太短、不认真，在牙齿上残留很多的食物残渣。当食物残渣发酵后，产酸，对牙齿产生龋坏作用，特别在牙齿表面，很多时候矫正结束以后发现牙体表面已经变黄，有的还变坑。患有牙周炎、根尖炎的患者需先进行治疗，再进行矫正。同时如禁止吸烟、过量饮酒等。女性应尽量避开月经期、哺乳期、妊娠期。治疗期间应清淡饮食，避免进食辛辣刺激、糖类、油腻及海鲜等腥发性食物。要保持积极的心态，正确地对待治疗。并且做好口腔清洁，注意口腔卫生，做牙齿矫正前最好进行一次洗牙。
牙齿矫正的后遗症，主要有以下几种。第1种就是牙槽骨压迫性的吸收。如果施加一定的压力以后，会导致牙槽骨出现吸收。第2种情况就是牙齿矫正后复发紊乱。主要也是好发于成年人，还是在矫治年龄12周岁，及时的进行矫正。第3种后遗症，就是牙根的吸收，如果在正畸治疗过程中，牵引力过大会导致牙根有一定的吸收，比较严重的甚至会诱发牙根大面积的吸收。
牙齿矫正是没有危害的，但如果医生操作不规范，或者矫正后没有护理好，还是有影响的。牙齿矫正的周期很长（通常带矫治器和保持器约需2～3年），长期带矫治器，必然会引起牙龈的排斥反应，导致出现牙周炎及牙龈萎缩的后遗症。
牙齿矫正的后遗症是牙齿松动，牙根吸收，损伤牙槽骨，牙体牙髓病等症状。牙齿矫正的后遗症主要是牙齿松动，在牙齿矫正的危害中，出现牙齿松动是比较普遍的。因为牙齿矫正的过程，牙齿周围的组织也在发生不断的移位、重建。
矫正牙齿的时候，不单单是让牙齿变的整齐还可以使牙齿保洁、牙周健康、清除咬合创伤、解除咬合干扰、修复义齿做准备、改善颜面骨异常发育等改善口腔功能、消除影响咬合的不利因素、建立新的正常的咬合关系及神经肌肉状态。