一般存在卵巢囊肿大小，如果大于3.0厘米以上都应该进行手术治疗，目前临床上治疗卵巢肿瘤，以手术治疗为主，如果有生育要求，可保留部分卵巢组织，外用药物效果不大，尽早手术治疗，目前治疗卵巢囊肿的手术有腹腔镜，只要在肚子上打几个孔，就可以将手术完成。
一般情况下，卵巢囊肿可以通过活检来确认囊肿是否为良性，具体内容如下：
卵巢囊肿是良性还是恶性，通常要到医院做妇科肿瘤标记，如果是良性的，那就是有一定的几率。正常情况下，有恶性的可能性，比如血液ca125升高，或者是子宫内的巧克力囊肿，属于良性的。因此，要做好术前做一次简单的组织学分析，确定卵巢囊肿的具体情况，做简单的病理检查是不准确的。
卵巢囊肿是良性肿瘤。
卵巢囊肿是常见妇科疾病的一种。卵巢囊肿在病理情况下可以分为良性恶性和交界性，所以卵巢囊肿不一定都是良性肿瘤，但是大部分卵巢囊肿是良性的，而且体积较小，不会产生压迫症状。也有一部分良性卵巢囊肿体积较大，会对子宫膀胱肠道产生压迫症状，如可出现腹痛腹胀，尿频尿急尿痛等症状，也有可能产生卵巢囊肿蒂扭转从而导致剧烈腹痛。
通常情况下，良性卵巢囊肿可以通过手术来治疗。具体分析如下：
卵巢囊肿是卵巢常见的良性肿瘤，由于卵巢囊肿不会具有恶变的可能，因此，临床上对于没有临床症状卵巢囊肿可以不给予任何处理，单纯给予临床观察即可，常规进行超声检查，妇科检查和化验肿瘤标志物CA-125检查即可。但是，对于卵巢囊肿较大，伴有压迫、阻塞周围组织器官功能的，或者因为卵巢囊肿可能导致蒂扭转危险的患者，则建议手术治疗。
通常情况下，黏液多房性卵巢囊肿大多数是良性的，但也有少数是交界性的或恶性的。卵巢囊肿性质的确诊一般需要依靠术中切除囊肿后，送病理学检查进行判断，而超声结果只能辅助诊断，如果卵巢囊肿不大，不超过三厘米，患者可以定期随访，复查B超观察卵巢囊肿的生长情况。如果卵巢囊肿减小或自行消失，则可能是生理性的卵巢囊肿；对于超过5cm的良性卵巢囊肿和恶性卵巢囊肿，需要进行手术治疗。
卵巢囊肿分为生理性囊肿和病理性囊肿，通常为良性囊肿，几乎没有恶性病变。如果生理性囊肿在黄体囊肿中很常见，通常随着月经而变化，也就是说，可以发现在下次月经干净后逐渐减少甚至消失。病理囊肿不能消失。如果没有症状，不太直接的症状暂时不需要手术。定期的症状检查可以结合药物进行。如果囊肿逐渐增大，如果直径大于5厘米，月经和腹痛症状都会受到影响。有手术特征的，可以选择腹腔镜或开腹手术进行切除。