阴茎过短，目前没有太多的方法，除了手术操作。但是在明确阴茎长短以前，首先需要明确成年男性平均阴茎长度以及测量方法。阴茎的平均长度，美国的勃起状态下的测量长度是12厘米。国内专家共识是国内长度小于国内长度2厘米左右，因此长度大于9厘米就算是正常长度。
一般来说，阴茎太短可能有如下原因：
先天性发育不足可能会导致阴茎太短，同时，隐匿性阴茎，蹼状阴茎等病理方面因素也可能会引起外阴茎太短。建议患者尽早前往医院进行进一步检查，明确病因。确诊为是隐匿性阴茎的患者，应该及时前往医院进行治疗，手术可以有效地改变阴茎长度，改善患者的临床症状。
日常生活中，患者应当注意多休息，避免过度劳累，保持心态平和，不要有太大的精神压力。
阴茎太短在青春期以前，如果生殖器官比同龄人小，可以去检查内分泌或者激素的情况，如果分泌异常，可以适当的补充，有助于促进阴茎的发育，过了青春期以后，只能通过手术的方法治疗。
在青春期以前，如果生殖器官比同龄人小，可以去医院检查内分泌或者激素的情况，如果分泌异常，可以适当的补充，有助于促进阴茎的发育。过了青春期以后，只能通过手术的方法治疗。
可以口服消炎药进行治疗，然后要保持局部清洁，还应避免刺激，局部用药液浸泡或湿敷，包皮囊内脓液引流不畅者，可行背部包皮纵行切开引流，清洗，感染控制后行包皮环切术。
若是生殖器系统炎症引起的阴茎痛，就要采用抗炎的治疗。病情较重的，在药物治疗的同时，积极结合物理治疗，生物电反馈治疗，利用生物电刺激盆底肌群，提高盆底及其周围肌群组织细胞的活力，改善局部血液循环，增加病灶组织的新陈代谢，加速炎性渗出物的吸收、消散。