尿道结石的治疗首先是保守治疗，适用于直径小于0点5cm且表面光滑的结石，其次是手术治疗，适用于引起尿路充血、水肿甚至梗阻的结石。尿道结石的治疗方法需要依据结石的位置选择适当的方法。首先是结石为尿道前端的舟状窝和结石在前尿道，可以无菌液体，再轻轻地向尿道远端推挤，把结石推出尿道口外或者用血管钳夹出来。再次是后尿道结石，可用金属尿道探子，将结石轻轻地推入膀胱，在膀胱结石来处理。
尿道结石相对少见，结石大多来自肾及膀胱，排尿时结石停留在尿道前列腺部，球部，舟状窝等处。根据结石的大小，停留不同部位，采用不同的治疗方法，结石比较小，可以试行多饮水，憋足尿，用力排尿，可能将结石自行排出。
尿道结石可以分为前尿道结石和后尿道结石，常常引起排尿困难，位于前尿道的结石叫做前尿道结石主要包括尿道的阴茎部和尿道的球部，后尿道结石通常是指前列腺尿道和膜部，对于前尿道的结石一般可以用手挤捏阴茎将结石排出体外，治疗上比较简单，创伤比较小，对于后尿道的结石一般可以用尿道探子将结石推入膀胱，按照膀胱结石来进行处理。
无创的检查方法包括尿道X平片、尿道造影、尿道CT检查，通常B超检查不容易发现尿道结石，故尿道结石少进行B超检查，可以进行尿道CT检查。CT检查可以明确尿道结石的大小、位置、距离尿道口的长度，还可以了解尿道结石的密度。有创的检查方法为尿道镜检查，其有一定的痛苦，检查完后可能合并血尿或尿道外口滴鲜血的情况，需要用特殊的镜体由尿道进入，观察结石的大小、位置，并且可以完成一系列镜下操作。
肾结石可以治好，肾结石，如果存在感染可以暂时用药物治疗，以及镇痛药止痛，如果疼痛无缓解结石体积较大，可以选择体外碎石治疗。此病积极治疗很快就会恢复。