阴茎短小的治疗方法包括生理性阴茎短小，多见于耻骨联合部、会阴部脂肪较多的男性，可通过手术治疗，去除多余的脂肪，使阴茎得以延长至正常长度，病理性阴茎短小，染色体异常、克氏综合征、卡尔曼综合征导致的阴茎短小，应及时就诊，明确病因，对症治疗。
肥胖导致阴茎短的小该需要合理减肥，还可以通过手术进行治疗。1、既然是因为肥胖症，那就一定要瘦，最重要的是，体重减轻了，阴茎附近的肥肉就会消退，露出的阴茎就会变大。2、如果出现了很严重的问题，或者多次的减肥不成功，需要做的是在做手术的时候，因为切除了大量的包皮，也会让阴茎变得比之前长。建议家长根据小孩的具体情况，选择合适的方式来处理。
可以使用补肾益气的药物进行调理，注意戒掉手淫不良习惯，规律适度性生活，注意休息，不要熬夜劳累，可以吃韭菜，羊肉及牡蛎等进行食补，加强体育锻炼。出现性能力下降及无性快感等症状，是平时频繁过度手淫导致肾气亏虚而引起的不适。
如果出现了阴茎短小，往往和先天性的发育有直接的关系。可以考虑及时的到医院进行阴茎延长手术，阴茎的长度可以明显的改善。如果患者阴茎的长度大于10厘米是属于完全正常的。
阴茎短小可以做个手术延长，将阴阜部位的隐藏阴茎暴露出来，可以延长三厘米左右，平时也可以穿英国卫裤。平时保持良好的生活饮食习惯，多吃些营养的食物，适当增加高蛋白饮食。