肛门直肠周围脓肿的治疗原则主要是控制感染扩散，减轻病人的痛苦，少数病情较轻的肛周脓肿用抗生素、热水坐浴及局部理疗等，脓肿可以消散，需要手术治疗，保守疗法包括全身或局部应用有效的抗生素，静脉滴注或灌肠外用，一旦脓肿形成，最积极的方法是及时切开引流。
肛周脓肿是肛管、直肠周围软组织内或其周围间隙内发生急性化脓性感染，并形成脓肿；临床上以大肠杆菌、金黄色葡萄球菌、链球菌和绿脓杆菌，偶有厌氧性细菌和结核杆菌等病菌较常见。肛周脓肿是容易复发的，手术后只有找到内口后就可以治疗了，肛周脓肿反复的发作就可以找到内口，找到内口后切开就可以不用治疗了，以后就不会复发了。
避免挤压。保持肛周清洁卫生。多喝水，多吃蔬菜水果，忌辛辣等刺激性食物。治疗得当，保养得好，一般两周左右即可恢复正常。如两周后仍无恢复或病情加重，应到正规医院肛肠科检查就诊。
少数肛周脓肿药物，热水坐浴及局部理疗等可以消散，但多数需要手术治疗。平时应该注意不吃辛辣刺激，注意局部卫生，饮食以清淡易消化为主，禁食辛辣刺。激性油腻食物，适当补充营养。
出现肛周脓肿，在早期没有出现化脓的时候，首先可以用温水坐浴，另外可以口服消炎药，并且要保持大便通畅，避免出现便秘，多吃一些水果和青菜，这样对于改善有帮助。如果是出现进一步加重，形成脓肿，出现化脓，那就需要进行切开引流了。
肛周脓肿，进行手术处理，可以进行脓肿切开引流，术后按时的换药消毒，并且填塞油纱，预防伤口的皮肤先愈合，这样逐渐从脓肿腔的底部长平了，避免长期久坐，避免吃辛辣的食物都有利于康复的。