对于肛周脓肿，西医常用的是抗生素，可以通过口服或者静脉点滴来进行治疗。
对于肛周脓肿，可以在浅浅的地方涂抹，如果是在皮肤比较浅的地方，那么就可以进行手术。反之，局部脓肿不是消失，而是扩大，或者是软化，就是已经形成了脓液，可以通过切口排脓。对于小儿肛周脓肿，父母要立即送到正规的医疗机构进行正确的处理，以促进病情的好转。上述药品需要在医生的指导下服用。
少数肛周脓肿用药物，热水坐浴及局部理疗等可以消散，但多数需要手术治疗，单纯性脓肿的治疗可在截石位或侧卧下，用局麻或腰麻，在脓肿部位做放射状切口，放出脓液后，伸入食指探查脓腔大小，分开其间隔。必要时将切口边缘皮肤切开少许，以利引流，最后用纱条放入脓腔做引流。
治疗肛周脓肿最重要的是找到内口进行治疗，只是单纯排脓是不行的，可以采用微创手术治疗肛周脓肿，可以一次性治疗，处理不当容易形成肛瘘。对于肛周脓肿，早期可以采取温水坐浴，使用抗生素控制感染，如果已经有脓液形成，就应该尽早到正规医院切开引流处理。
脓肿形成早期，可采用抗感染治疗，包括针对需氧菌及厌氧菌的抗生素、中药清热解毒、疏泻通宣，通便、热水坐浴、理疗、休息等。脓肿一旦形成，即行切开引流。脓肿大且全身症状重者，除根据临床和药敏试验选择有效抗生素外，尚需辅以支持对症治疗。治疗时需要去正规大医院。
肛周脓肿首先需要应用抗生素治疗，平时经常清洗肛门处，注意个人卫生，有助于炎症消退。另外，肛周脓肿单纯保守治疗是无法完全治好的，以后还是会反复的发作等目前炎症改善消退以后，可以进行脓肿切开引流，然后按时换药消毒，这样脓肿腔逐渐长平以后，就可以治好。
肛周脓肿治疗有很多种治疗方法，但是需要根据病情进行治疗。可以分保守治疗和手术治疗。保守治疗是在疾病早期口服或静注消炎药的同时外敷中药，但疗效不明显。针对肛周脓肿，可以使用手术治疗，这种方法比较有效。