直肠恶变首要治疗方法是手术治疗。由于大肠恶变绝大多数是息肉型，如果恶变发生在息肉的顶端，而且是早期恶变，便可以在肠镜下切除，不必开腹切除结肠，手术后是否还要进行化疗、放疗，要看恶变有无转移、恶变的分化程度和病人的综合症状。
中医强调整体治疗，分为祛邪、祛邪扶正、祛邪增效、扶正减毒四个部分来治疗直肠恶变，祛邪是指用中要所产生的抗恶变作用达到消灭恶变的目的；祛邪扶正是指运用中医中要扶正解毒的原理，治疗恶变肿的方法；祛邪增效：是指运用中要活血化瘀机理，增强和提高化疗、放疗的抗瘤效果；扶正减毒：是指运用中要调补气血、阴阳的作用，减少放疗、化疗的毒副作用，达到消瘤健身的目的。
必须采取治疗，应以健脾补肾益气除湿为治本之法，清热解毒活血化瘀为治标之法用，辨证施治最忌长期应用大苦大寒之剂，亦可配合中药针，如麦注参麦，注射液等静滴以扶正，采用独有中药配方肠炎I号方，配合西药研粉混合保留灌肠经临床验证疗效满意。
直肠恶变饮食需多加注意，肠蠕动恢复后方可进食，以易消化食物为主，不吃粗纤维太多的食物。多食豆制品、蛋、鱼类等，使大便干燥，便于清洁处理。配合针对性中药扶正抗癌治疗，提高免疫力，改善生活质量，防止进一步转移和复发。
关于直肠恶变的治疗方法，是有很多的。直肠恶变的最常见的方法是姑息性手术，为了解除梗阻和减少病人痛苦，可行姑息性切除，这种手术对治疗直肠恶变是很有益处的。还有就是放射性放射治疗在直肠癌治疗中的地位已日益受到重视，有与手术相结合的综合治疗和单纯放射治疗两种。治疗直肠恶变也是有很好的效果的。另外还有肿瘤局部冷冻、激光和烧灼治疗，这种治疗方式对控制微小转移病灶是有特别好的疗效的。