根治性手术：将子宫、双附件及盆腔内所有异位内膜病灶予以切除和清除，适用于45岁以上重症患者。药物治疗，也就是激素疗法，通过药理刺激体内激素分泌，因为异位内膜对卵巢内分泌有反应，所以采用性激素治疗，主要是抑制排卵或引起闭经，使异位内膜发生退行性变，继而坏死、吸收。
卵巢内子宫内膜异位症，卵巢是最容易受异位内膜侵犯的器官。卵巢的异位内膜病灶分为微小病变型和典型病变型两种。卵巢内子宫内膜异位症，宫骶韧带、直肠子宫陷凹和子宫后壁下段子宫内膜异位症。
根据每个病人的具体情况进行个体化的手术治疗。经腹腔镜手术还是开腹手术取决于操作者的经验和技术，不完全取决于疾病期别。子宫内膜异位症手术治疗通常有三种方式，即保留生育功能的手术，保留卵巢功能的手术。
保留生育功能手术：切净或破坏所有可见的异位内膜病灶、分离粘连、恢复正常的解剖结构，但保留子宫、一侧或双侧卵巢，至少保留部分卵巢组织。适用于药物治疗无效、年轻和有生育要求的患者。根治性手术：将子宫、双附件及盆腔内所有异位内膜病灶予以切除和清除，适用于45岁以上重症患者。
根治性手术：将子宫、双附件及盆腔内所有异位内膜病灶予以切除和清除，适用于45岁以上重症患者。保留生育功能手术：切净或破坏所有可见的异位内膜病灶、分离粘连、恢复正常的解剖结构，但保留子宫、一侧或双侧卵巢，至少保留部分卵巢组织。适用于药物治疗无效、年轻和有生育要求的患者。
子宫内膜异位最佳怀孕方法是手术治疗。
如果出现一个六七厘米以下的卵巢囊肿，可以考虑是自然妊娠半年，如果不成功，可以进行促排卵或者手术。术前要进行AMH检查，以了解卵巢的功能，如果卵巢功能正常，可以选择手术。为了防止术后出现的卵巢功能减退和排卵异常，可以在术前进行冰冻。术后要尽快进行促排卵，或者去专业的不孕专家进行体外受精。
