危害有导致男性不育症，输精管堵塞会导致精子和卵子不能结合，出现不育。男性出现输精管堵塞后，会引起附睾里的内部压力升高，导致睾丸血液的循环，还会影响睾丸的生精功能，出现死精症或者是无精症的情况。
输精管先天未发育或发育不良、与附睾不相通等，常伴精囊不发育，致精液量少，无精子。炎症性狭窄：各种致病菌使输精管发炎，形成瘢痕，致管腔闭塞。严重者致无精症。肿瘤：来自输精管本身或邻近器官肿瘤压迫所致管腔不通，也是造成无精症的原因之一。
输精管堵塞不是一个独立的疾病，是由于多种疾病造成的一种症状。泌尿生殖系统的感染所导致的，比如附睾炎，前列腺炎，精囊炎等，也可导致输精管道的堵塞。囊肿或者是肿瘤所导致，精囊肿瘤，前列腺肿瘤等，都可造成输精管道的堵塞。
生殖系统感染，男性的精液中出现无精子或者是精子数量少的现象，而且睾丸部位形态正常或者轻度缩小，质地基本正常，精液中无精子，输精管堵塞疾病导致精子无法继续向外运行排出。
输精管堵塞是有危害性的，会引起精索静脉曲张尿痛以及泌尿的感染和男性的不育。还危害到身心健康，有严重的心里压力。输精管堵塞之后，会出现死精症或者是无精症的情况。输精管堵塞会导致输精管管道梗阻。还会影响免疫系统的附属性腺。
造成输精管堵塞的原因有泌尿生殖系统的感染，损伤：如疝修补术，精索静脉曲张，精索肿瘤手术，肿瘤：如附睾肿瘤，精囊肿瘤，前列腺肿瘤等，先天性畸形：如附睾头，体，尾段缺如。