肛周脓肿的治疗应根据不同情况选取不同的方法，中药治疗方法包括：在未成脓阶段，以消为主，通过清热解毒、软坚散结的药物使脓肿尽快消散；在成脓阶段，通过托的方法，包括补托法、透托法，使脓液尽早排出、排净，达到目的；在后期阶段，以补为主，通过补益气血，促进局部生肌长肉，尽早愈合。
肛周脓肿化脓以后就会触及到波动感，需要进行手术及时的切开排脓，对于表浅的肛周脓肿，可以选择口服药物治疗，如果是范围比较大的脓肿，需要手术方式还要具体的病情来决定。
肛周脓肿如果已经化脓，可以采取手术治疗，手术就是需要切开引流，平时注意保持局部清洁卫生，饮食忌辛辣忌烟酒，多吃富含蛋白质的食物。肛周脓肿是肛门周围软组织间隙的一种化脓性感染。处理不当容易形成肛瘘。
患上肛周脓肿时，在多数情况下，脓液会破坏健康的皮肤组织，病变的地方也会慢慢扩大。假如破坏直肠粘膜，脓液就会进入肛管内部，也有可能按原路返回肛管，这就是从肛门小窝排脓，但多数情况都是向皮肤破溃，这就是所谓的自然排脓。
肛周脓肿多为肛周皮脂腺阻塞，分泌的皮脂物结而成，并由肿痛继发感染所致。肛周化脓性感染也是肛周脓肿的形成原因。肛肠病手术后感染。还有外痔炎症，主要因为患外痔后末及时治疗又末注意适当休息，患处摩擦刺激后引起感染、疼痛、流脓水等导致的肛周脓肿。
肛周脓肿术后要注意肛门的清洁，每次便后用清水冲洗肛门，出院后坐车、吃饭、上班等需要坐着的时候，一定要架空肛部，饮食清淡，忌食辛辣刺激性食物，多吃新鲜蔬菜水果，保持大便通畅。