一般来说，打完手足口病疫苗发烧通过如下方式治疗好：
一、一般注射疫苗会引起一些正常反应，比如体发烧的情况，如果38.5℃以下，属于弱反应，选择物理降温，适当用温水搽拭额头、腋下即可。
二、打完手足口病疫苗发烧，如果体温超过38.5℃，考虑是强反应，同时会伴有呕吐、腹泻、头疼的症状，可以口服布洛芬退烧。
通常情况下，打手足口病疫苗后发烧的患儿，家长可以通过使用药物、日常护理等方式进行治疗。具体情况分析如下：
使用药物：打手足口病疫苗后发烧的患儿，家长可以按照医嘱给宝宝使用布洛芬混悬液、对乙酰氨基酚口服混悬液、小儿热速清颗粒等药物进行治疗。
日常护理：打手足口病疫苗后发烧的患儿，家长应注意及时给患儿添衣，给患儿多喝热水，以促进患儿身体的恢复。
打了手足口病疫苗后要注意：
手足口病疫苗是一种肠道病毒71型灭活疫苗，主要针对6个月到5周岁的易感患儿，注射两次基本免疫，每两次注射一个月。注射完手足口病毒疫苗之后，要在接种点进行半个多小时的观察，确认没有任何问题。接种了手足口病疫苗后，会出现轻微的疼痛、发红、肿胀等不适。注射的时候要注意保持皮肤的干净，不要让身体接触到水，要及时的补充身体的水分和保暖。出现其他的严重副作用如高热、呼吸困难等，要立即就医。
一般来说，打手足口病疫苗后发烧能吃药。打手足口病疫苗后发烧有可能会有手足口病疫苗的副作用。如果宝宝的体温不能高于38℃，可以用湿布擦拭宝宝的脖子、脖子和大腿根部。如果宝宝的体温在38摄氏度以上，可以在医生指导下使用布洛芬混悬液，也可以服用退热息痛。也可以带着宝宝到正规的体检机构进行格检测。出现了病毒或者是细菌感染，可以在医生指导下使用一些抗病毒的药物。
此外，打手足口病疫苗后发烧期间应该避免吃生冷、油腻、辛辣的食品，有助于改善症状。
手足口病疫苗适合六月龄以及六月龄以上至五岁的孩子打，宝宝到了适宜接种月龄，越早打越好，最好在12月龄前完成接种，以便孩子尽早得到保护。
接种两次手足口病疫苗，间隔1个月，主要是防止由肠道病毒71型感染所致的手足口病，以及由其它肠道病毒引起的手足口病，例如柯萨奇A16。因为儿童在注射疫苗后，抗体会在身体里持续2-3年，而5岁的儿童中，手足口病的高发年龄段是6月到3岁之间，因此，儿童只需接种一次，打完两次疫苗就可以了。