在临床上，可以通过临床表现来确诊偏头疼和三叉神经痛。
偏头疼通常是有前兆的，主要症状是视力的减退，或有散射的闪烁的斑纹，这说明偏头疼的症状，在头疼的时候，可以看到额部和大量的一种波动性头疼，有些病人还会影响到另外一边的头疼。三叉神经痛通常是一边电灼样、针刺样、刀割样的疼痛，这种疼痛通常不会超出中间的位置，通常是一边头疼，一边不会出现头疼症状；也有一些人会出现两侧的头疼，这种头疼会在几分钟到一分钟之间。
偏头痛不属于三叉神经疼痛，三叉神经疼痛属于三叉神经附近的血管病变或者畸形压迫神经组织引起的疼痛。偏头痛与生活压力、内分泌失调等因素有关。偏头痛与三叉神经痛并无明显关系，临床上要注意鉴别，不可混淆，因为治疗方法不同。偏头痛是由于血管收缩和舒张功能紊乱而引起的血管性头痛。临床表现为单侧或双侧搏动性头痛，疼痛持续5-3天左右，伴有恶心呕吐等症状。非甾体类消炎止痛药物是治疗的主要方法。
神经痛和偏头痛是有不同的。神经痛，又有三叉神经痛，神经痛是分布在三叉神经区域的，具有一阵一阵发作，然后反复性发作的特征，没有任何阳性体征。神经痛常发于在中年的女性。三叉神经每次发作一般都有几秒或者数十秒，一般都不会超过两分钟。而偏头痛是一种反复发作的，在头部一侧或者两侧的搏动性头痛。
偏头痛跟三叉神经痛通常在病因、临床症状等有很大的区别。
偏头痛与情绪不稳定、睡眠不足、超负荷运动、神经细胞兴奋性紊乱、内分泌紊乱有关。三叉神经痛主要是由于神经损伤、精神压力过大、免疫功能异常引起的。偏头痛是一种单侧搏动性头痛，一般发生在颞部，由于颅内动脉持续收缩，可能会导致头痛，少数患者会出现眩晕、精神错乱、四肢无力等症状，持续10-30分钟或数小时。三叉神经痛是一种反复发作的面部疼痛，主要表现为电击样、刀割样、撕裂样或烧灼样剧痛，持续数秒至2分钟，睡眠时疼痛发作减少或不发作，发作时伴有疼痛性面肌抽搐、口角歪、皮肤发红、流涎等症状。
三叉神经痛的治疗方式主要是手术治疗。也就是微血管减压术，针对三叉神经痛的病因里面，90%都是因为血管压迫引起的，在显微镜下，在三叉神经的根部发现和找到压迫的血管，把它剥开、电离，从病因上去除掉病因。