在使用激素过程中可能出现一些副作用。短期系统使用糖皮质激素可出现：情绪改变、神经过敏、高血糖、痤疮样皮损、胃肠道不耐受、食欲增强、失眠、月经改变、水钠滁留、体重增加等。
吸入性糖皮质激素是目前治疗哮喘的主要手段，对比口服的激素，吸入性糖皮质激素药物可直达肺部，起效迅速，剂量较小，副作用也较小，安全性相对较高。其主要的不良反应有咽部不适、声音嘶哑，并且可能会出现念珠菌感染，但可通过清水漱口加以避免。长期高剂量的使用吸入性糖皮质激素还会产生肾上腺皮质轴抑制和骨质疏松等全身不良反应。
糖皮质激素对人体有益又有害，具有双面性，因为长时间服用大量的糖皮质激素会诱发或者加剧胃和十二指肠的溃疡；诱发细菌感染；诱发高血压、动脉粥样硬化；诱发糖尿病、癫痫、精神病等，还会导致骨质疏松、肌肉萎缩、多毛、皮肤变薄、高血糖、低血钙，影响儿童的生长发育，过度使用会造成丧失劳动能力。停药后会造成肾上腺萎缩，功能障碍等。
糖皮质激素是一种很强的非特异性消炎药，在急性痛风性关节炎初期使用，可减轻关节腔内渗出、水肿、充血、白细胞吞噬反应等，可迅速减轻关节的红肿热痛等症状，还可减少局部黏连和结缔组织形成，但不良反应大，故在痛风性急性关节炎发作，首先使用秋水仙碱或非甾体抗炎药。
糖皮质激素的药理作用有：对各种代谢的影响。糖代谢、蛋白质代谢、脂质代谢、核酸代谢、水和电解质代谢。可给其他激素发挥作用创造有利条件。抗炎作用：急性期主要抑制渗出及炎症细胞浸润；慢性期主要抑制肉芽组织生成，防止粘连及瘢痕形成。
甲亢突眼可以用糖皮质激素进行治疗，对于改善甲亢突眼是有一定帮助的，但如果用药不当有可能还会造成股骨头坏死等不良反应，应该予以注意。静脉使用多为突击性治疗，剂量较大，风险较大，所以要高度的重视。患者到内分泌科就诊，应该注意控制甲亢病情同时也应该避免甲减的可能，因为甲状腺功能异常可加重突眼的症状。