治疗慢性肾盂肾炎的常规方法是：抗菌药物治疗，常需两类药物联合应用，药效无用时可选用敏感药物分2-4组，轮换应用，可防止再发，对重新感染引起再发的慢性肾盂肾炎更为有效。病因治疗，先查明原因，再根据病因预防及治疗，若病情较轻，可按药敏选择用药，若病情较重，应用大剂量杀菌药治疗。
肾盂肾炎是由于细菌感染到肾盂部位而引起的。肾盂是肾脏产生的尿液所汇聚的部位，部位如果出现细菌感染，就称之为肾盂肾炎。肾盂肾炎的发生一方面和抵抗力降低有很大关系。
这种疾病的治疗宜尽早控制感染，祛除诱发肾盂肾炎的不良因素和对症处理。同时肾盂肾炎要卧床休息和高热量、高维生素饮食有助于机体恢复，重要的是给予足够的水分冲洗尿路，鼓励多饮水以保持足够的尿量。
诱发急性肾盂肾炎的前驱感染，往往是溶血性链球菌致肾炎菌株所导致的常见的上呼吸道感染，或者是皮肤感染。尤其常见的就是皮肤脓疱疮等链球菌感染之后，引起的急性链球菌肾小球肾炎。除了链球菌感染之外，还可以见到有少量的其细菌，或者是病毒、寄生虫感染，也可以引起急性肾盂肾炎。
本病致病菌绝大多数为革兰阴性杆菌，以大肠杆菌最常见。主要感染途径是上行性感染，即致病菌由尿道上行入膀胱引起膀胱炎，继而沿输尿管向上蔓延至肾脏，导致肾盂肾炎。肾盂肾炎治疗主要是进行积极抗感染治疗，如果用药物治疗7天没有效果需要复查血常规以及尿常规，如果没有明显好转，需要选择尿培养，选择敏感抗病毒药物进行治疗。
