沙眼衣原体感染主要通过药物进行治疗。
衣原体是介于细菌与病毒之间的微生物，可感染眼、鼻咽部、子宫颈、尿道黏膜等部位。感染后常见病包括沙眼、结膜炎、泌尿生殖道感染等，衣原体对阿奇霉素、多西环素、四环素或红霉素比较敏感。但是用药剂量需要根据患者具体情况而定，并遵医嘱服用药物。
沙眼衣原体的临床表现主要有两种：一是局部给药，二是系统给药。
可以选择的还有司帕沙星、罗红霉素、克拉霉素、氧氟沙星、左氧氟沙星、四环素等。需要根据病情、药物敏感试验来选用药物。病人和他们的性伙伴应该在他们的治疗结束以前避免性行为，以免交叉感染。
沙眼，一般的起病比较缓慢，所以临床症状的轻重不等，早期的时候可能没有自觉症状，只是觉得有轻微的异物感，以为自己尘沙进入眼睛后引起的不舒服。沙眼在小孩子当中是最常见的，是一种传染性眼疾，可导致眼部不适，严重的还可导致视力受影响，治疗不及时危害是十分大的，因此对于小孩沙眼的症状家长要注意了解，以便能及时发现病情，及时进行治疗，避免带来危重影响。
沙眼衣原体抗原检测阳性，需要口服抗生素治疗，应该保证足疗程，抗生素药物在治疗生殖器衣原体感染的治疗率可以达到90%以上。衣原体还没有出现在抗生素耐药性，所以病人在治疗时不必担心耐药的问题，多参加体育锻炼，提高自身免疫力，注意在患病期间不要同房以免交叉感染。
沙眼衣原体可能是性接触传播、不良行为感染上的。
沙眼衣原体一般通过性接触传播，也可以通过密切接触传播。如果患者与沙眼衣原体感染者进行了不洁性行为，就可能会被传染沙眼衣原体。另外，沙眼衣原体还可以通过不良行为感染上的，比与他人使用同一块毛巾等。
沙眼衣原体感染可以通过以下方式进行治疗。
1、药物治疗：如果出现了沙眼衣原体，可以通过局部的抗生素来缓解眼睛不适的情况，比如新霉素眼药水、酞丁胺眼药水、利福平眼药水等。病情比较严重的话，可以在医生指导下服用阿奇霉素、红霉素等，能够有效地杀死体内的沙眼衣原体，缓解眼睛的不适。
2、手术治疗：沙眼衣原体感染后，若发生倒睫，即眼睫毛朝眼眶的位置长出来，会对眼睛产生很大的刺|激，可以通过外科的方式进行治疗，从而纠正内翻的眼睑，防止倒睫或眼内翻引起的致盲。