一般情况下，治疗肝内钙化灶疾病的方式有以下几种。
1、药物治疗：如果肝内钙化灶患者，出现腹痛、发热、肝区疼痛等症状，应及时到医院就医，并在医生的指导下服用双氯芬酸、阿莫西林等药物进行治疗。
2、手术治疗：如果肝内钙化灶是因结石、肿瘤等原因引起，可能需要通过结石手术、或是肿瘤切除术来进行治疗。
建议患者及时到医院就医，不要拖延病情，以防诱发其他疾病。
肝内钙化灶在肝脏影像学改变中较为常见，亦为较常见肝脏病变之一，通常不是肝炎。
在肝内外胆管系统中发生的结石或狭窄都可以形成肝内钙化灶，但并没有明确区分两者。肝内钙化灶稳定，多数提示过去对肝脏有损害，或具有某些特殊肝脏疾病史。如果在临床上出现了肝功能损害或其他肝实质变化时，都应考虑到肝内钙化病灶的存在，因为这些情况可以导致诊断错误。肝内钙化灶通常无需特别治疗，亦非肝炎之表现。
如果囊肿太大，会出现右肾的胀痛，影响肾功能。如果肾囊肿不大不影响性功能，也没有合并感染，一般不会出现不适的症状。在没有不适症状，不影响生活的情况下，可以动态观察，如果出现症状太大的囊肿，可以采用介入治疗，将囊肿进行穿刺引流后，注入无水酒精。也可以进行手术切除囊肿治疗。另外要注意休息避免劳累，注意保暖，避免着凉。
肾脏之前存在肾囊肿的现象，但是目前这个囊肿出现吸收钙化，也就是之前是存在一包浆液东西，现在变成实性的东西了。钙化的话，就不要紧的，没有什么影响。不需要治疗的，因为比较小，对肾脏没有压迫，又是单发。
出现右肾囊肿伴有钙化，不需要治疗，要对症治疗为主，注意多休息定期复查，没有效的治疗方法，右侧囊肿就是因为长期劳累，慢性肾病所引起，定期复查彩超，及时给予消炎药物。
肝内胆管钙化进一步可形成胆管内淤积性泥沙结石，经B超检查一般都能明确诊断。常见病因为慢性胃肠道反流性炎症导致的胆管炎症及胆囊摘除术后、胆管手术、肝叶切除术后、肝脏内外胆管发生扭曲、变形等导致胆汁淤积形成泥沙结石，都可以造成肝内胆管结石形成。
