以腹腔镜确诊、手术加上药物为内异症治疗的金标准。有条件的医院，腹腔镜手术应为内异症的首选治疗方法。但腹腔镜手术的选择及效果在很大程度取决于设备、器械和手术者的经验及技巧。开腹手术可用于腹腔镜条件不具备或非常复杂的手术，如严重粘连和有多次手术史者。治疗时需要去正规大医院。
巧克力囊肿可以采用药物治疗和手术治疗两种方式治疗，治疗时一般要根据年龄、对生育的要求、囊肿的大小、病情的轻重来决定是采用药物治疗还是手术治疗，保守性的治疗主要是保留卵巢功能的治疗。
通常情况下，卵巢巧克力囊肿的治疗方法有保守治疗、手术治疗等。具体情况分析如下：
保守治疗：卵巢巧克力囊肿是一种由于子宫内膜异位引起的疾病，如果症状比较轻，可以通过高效孕激素周期治疗、假孕疗法、假绝经疗法等保守方法进行治疗。
手术治疗：如果症状比较严重，保守治疗无效，可以通过手术尽量切除病灶；如果没有生育要求，可以直接切除子宫。
卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种表现形式，只不过子宫内膜在卵巢内增生形成了囊肿。热潮巧克力囊肿长到一定程度取消做手术治疗的没有其他的办法，也可以进行药物性闭经长月经到来卵巢囊肿可能就缩小。
主要是具有活性的子宫内膜细胞种植在卵巢上，并且随着卵巢周期性的变化而发生变化，比如在周期性的子宫内膜脱落出血形成临床月经的时候，种植在卵巢上的子宫内膜也会出现周期性的出血现象。
巧克力囊肿通常会出现月经不调、痛经、性交痛和不孕不育等症状，早期的月经一般还是正常的，随着病情的发展逐渐出现月经不正常和痛经的变现。囊肿破裂可有剧烈的刀割样下腹痛，甚至昏厥。其次是性交疼痛。