一旦发现了，确诊是肛瘘，除外了一些手术禁忌证的情况下，还是要采用积极的手术的治疗。手术的治疗，能达到有效治疗的目的。采用比较安全的术式，对于括约肌，对于肛门的功能影响更小的术式。对于低位的肛瘘，可以采用这种切开的手术。
出现肛瘘的现象，目前要注意护理的，给孩子常清洗一下，再一个多吃长纤维的食物，保持大便不干燥会好一些的。服用点专门的药物都是可以的，不要感染就不要紧的，不行要手术。
如果局部症状疼痛不明显，可以暂时保守治疗，生活中密切观察，给孩子多喝水，多吃新鲜的水果和蔬菜，注意局部卫生，保持大便通畅。如果孩子大一些不愈合，可以到正规医院手术治疗。
肛瘘晚期治疗可以肛瘘切开和切除术：手术的目的是将肛瘘的内口、瘘管、外口、支管和瘢痕组织切开或切除。还可以用药捻疗法：用清热解毒、祛腐生肌的中药做成药捻，从瘘外口插入，使瘘管痊愈。
肛瘘有瘘管切开、挂线疗法和肛瘘切除术等。肛瘘是不能自己好的，不治疗会反复发作直肠肛管周围脓肿，药物保守治疗只能缓和症状，因此必须手术治疗。手术方式很多，术式应依据内口位置高低，低位肛瘘或高位肛瘘、瘘管与肛门括约肌的关系，括约肌间型瘘、括约肌上型瘘或括约肌外型瘘来选择。