子宫内膜异位症的治疗要根据患者的年龄、病情的严重程度、是否有生育需求来决定，具体的治疗方法有：
1、保守治疗：可以采用假孕术或假绝经治疗，在子宫中用药来控制女性的经期，从而达到假孕或者绝经的目的。
2、外科：现在采用的是微创技术，即腹腔镜，对病变进行全面的综合、根治性和半根治性的治疗，提高患者生存期、生活质量、怀孕率。
月经期坚决杜绝性生活，避免剧烈运动；预防医源性情况导致子宫内膜异位症发生，如减少人工流产、刮宫，输卵管通液应选择月经结束的3-7天；适龄婚育，年龄较大且伴有痛经的孕妇，应尽早怀孕生子。已有子女暂时无需怀孕者，应采取药物避孕措施，既可避免怀孕，又可减少子宫内膜异位症发生。
子宫内膜异位适合艾灸，因为子宫内膜异位症可以导致月经不调、痛经的情况，甚至还可以导致不孕不育的情况发生。艾灸对子宫内膜异位症还是有效果的，可以活血化瘀，对子宫内膜炎症可以起到消炎以及预防的效果。但是艾灸治疗见效慢，所以治疗需要耐心，坚持治疗。再有需要找有经验的中医进行治疗，不要自行艾灸，因为需要找准对应的穴位。
子宫内膜异位症西医治疗方法有手术和药物两种：药物治疗，主要是口服激素，即假孕和假绝经疗法。手术治疗。用中医的辨证施治方法，使异位的包块要逐渐的液化。缩小、吸收，异位包块的缩小而减轻，或者全部消失。
子宫内膜异位症不好治，目前没有很好的治疗方法。子宫内膜异位症是指具有生长功能的子宫内膜组织，由于某种因素的影响而在子宫腔以外的其他地方生长繁殖的一种病症。对妇女而言子宫内膜异位症是常见的病，有痛经、不孕等症状且容易复发等。
治疗方法有药物治疗和手术治疗两种。药物治疗一般是通过激素类药物来进行治疗，另外避孕药和中成药对子宫内膜异位也有一定的疗效。手术治疗是指直接将病灶切除，但术后也需要药物治疗来补充巩固疗效。