少数肛周脓肿用药物，热水坐浴及局部理疗等可以消散，但多数需要手术治疗，单纯性脓肿的治疗可在截石位或侧卧下，用局麻或腰麻，在脓肿部位做放射状切口，放出脓液后，伸入食指探查脓腔大小，分开其间隔。必要时将切口边缘皮肤切开少许，以利引流，最后用纱条放入脓腔做引流。
于肛周脓肿，早期可以采取温水坐浴，使用抗生素控制感染，如果已经有脓液形成，就应该尽早到正规医院切开引流处理。要清淡饮食，多吃蔬菜和水果，多喝水，避免油腻辛辣刺激性食物，注意休息，避免烟酒刺激，不要挤压肿块。
治疗宝宝的肛周脓肿，主要是要从饮食和生活习惯入手。饮食卫生，首先如果是母乳喂养的宝宝，应该要注意母亲乳头的清洁，哺育前应该用干净的毛巾仔细的擦洗。人工喂养的宝宝，应该注意奶具的严格消毒，喂奶前应该先双手洗净，喂剩的奶液可以丢弃。如果是已经到了添加辅食的宝宝，一定要循序渐进地添加辅食，饮食上要有规律，而且要根据季节调节饮食。
婴儿出现肛周脓肿并非罕见，如果早期可以经过积极抗炎等治疗得到缓解，需要手术。婴儿肛周脓肿如果尚未触及波动感，可应用药膏外敷，局部化脓后需要尽早切开拍脓，避免炎症扩散，有形成肛瘘的可能。
主要的治疗方案是手术，手术是在脓肿波动最明显处进行切开引流，将脓肿内的脓液放出，然后再换药使脓腔慢慢闭合。肛周脓肿的药物治疗，不能解除肛周脓肿的根本问题，即便缩小以后还可能多次复发。
治疗儿童肛周脓肿有许多方法。症状轻微的病人可通过局部应用一些相关的药膏进行治疗，也可以服用一些相关的药物进行治疗，如果保守治疗效果不明显，应及时去医院进行手术治疗。给孩子多吃蔬菜，以保持大便通畅。