一般来说，顽固性霉菌性阴道炎，其治疗方法和单纯的霉菌性阴道炎是一个道理，主要是通过药物治疗来达到根治的目的。
顽固性霉菌性阴道炎是由假丝酵母菌感染所致，所以，必须要用到抗菌药物。首先，可以口服氟康唑，第二步是进行阴道局部涂药，常用咪康唑制剂、克霉唑制剂、制霉菌素栓等。同时，病人也要按照医生的指示用药，配合治疗，建立自信，才能更快的康复。
一般情况下，对患有顽固性霉菌性阴道炎者，可综合应用各种治疗方法，并适当延长疗程。
可以使用红核洗液加妇炎洁洗液行外阴及阴道冲洗，必要时加用碘伏以保持阴道清洁，也可口服克霉唑栓剂作辅助治疗。对于患有慢性宫颈炎以及宫颈糜烂者，则需要对其采取物理性治疗，如红外线照射、紫外线辐射等。治疗过程中应避免同房，保持饮食清淡，并注意清洁卫生。
顽固性霉菌性阴道炎患者在临床实践中对医生及患者造成了极大的困扰，因此在治疗中必须注意以下几点才能达到根治：
1、是进行阴道分泌物训练，进行了霉菌+药物敏感试验培养，临床上以试验室检查结果为准，然后有针对性地使用药物，从而实现有效治疗。
2、对反复发作霉菌性阴道炎患者，然后，性伴侣还应同时进行用药治疗，从而避免了日常生活交叉感染并导致反复发作。
3、一些生活习惯需要改变，如患者衣裤，特别是内衣内裤，必须与健康人单独洗涤，并且袜子不可以和内裤放在一起清洗。
4、在家里不要把自己的房间弄得乱七八糟。
防止霉菌性阴道炎反复，建议从以下几方面着手：
1、及时检查找到并去除病因，治疗期间不能自己随意停药，治愈后要进一步强化和巩固。
2、禁止性生活引起交叉感染。
3、建议患者在医生指导下合理使用抗真菌药物，如氟康唑、克霉唑阴道栓、伊曲康唑等，定期进行真菌培养实验，待到完全康复后方可停药。
4、治疗期间发生性行为，夫妻都要治疗，才能避免复发。
通常情况下，霉菌性阴道炎反复复发可能是因为身体免疫力低下。具体分析如下：
患者正常的阴道菌群内有霉菌，当抵抗力低下时，就可能会发生霉菌性阴道炎，比方说长期应用抗生素或者是有糖尿病，孕期也比较容易发生霉菌性阴道炎。一般选择用栓剂治疗阴道炎，比如硝呋太尔栓剂麦咪康帕或者是克霉唑类栓剂凯妮汀。如果一年发作四次以上，称为复发性阴道炎，需要加用口服药氟康唑片或者伊曲康唑胶囊等，足疗程用药。一般经期口服用药，经后上阴道栓剂治一疗程，连用3-6个月经周期，而且要连续三次月经干净后复查阴道炎是否治愈。
大多数患霉菌性阴道炎的患者经常会反反复复，原因有以下几点：1、个人卫生，霉菌在潮温暖的环境中容易滋生，女性阴道在受到损伤、细菌滋生激的情况下容易增加感染。2、饮食，过量摄入乳制品、人工甜味剂、过甜的食品和饮料，体重过胖都容易诱发。3、糖尿病，糖尿病患者由于尿中含糖，尿液可能会污染外阴，从而诱发霉菌性阴道炎。
