肾囊肿可以由很多原因引起，先天遗传因素是肾囊肿最常见的原因之一，基因突变也是引起肾囊肿的发病原因之一，各种中毒对肾脏的损伤，例如常见的毒物有农药、化学制剂、放射线、污染等都会引起肾囊肿。具体原因可以到医院进行检查。
肾囊肿是常见的一种囊性的肾脏疾病，在60岁以上的老人有50%的发生率。对于单纯性的肾囊肿，不会影响肾功能，也不需要进行特殊的治疗，因为没有任何的药物可以使囊肿消退。
单纯性肾囊肿是囊肿性肾病中常见的一种肾脏的良性病变。单纯性肾囊肿是最常见的肾脏囊性疾病之一，通常多为单侧单发，罕见单侧多发，双侧出现者罕见，此病多发生于成年人。由于其临床症状和体征不典型或缺乏特异性而容易误诊为肾肿瘤或其它疾病，延误诊断与治疗。一般无临床症状，偶尔出现血尿、腹痛等。单纯性肾囊肿可造成泌尿系统损害，但通常不影响肾功能。
双肾囊肿是指肾脏内出现大小不等与外界不相通的囊性肿块的总称，目前出现双肾囊肿，而且已经出现恶心呕吐脸黄，食欲不振，应该查血常规和肝功能，出现严重的贫血是会导致面色发黄，恶心呕吐的。目前已经出现双肾囊肿，先定期做泌尿系统彩超检查，如果肾囊肿超过五厘米，就需要做手术干预治疗的。
肾部囊肿是在肾脏部位形成的，不与外界相连通的囊性病变。有多种，单纯性囊肿，多囊肾，肾盂囊肿。肾囊肿形成原因有很多，有的人是先天就有肾囊肿，有的则是后天形成的，后天的基因突变，后天的细菌感染都有可能形成肾囊肿。