通常这个疾病可以口服抗真菌药物，具体用药谨遵医嘱，同时还要通过手术拔除病变的指甲。一般灰指甲是由于真菌感染引起的，这个有可能会出现指甲凹凸不平，同时有可能还会出现指甲分层。
中医治疗，中医常采用益气，清热利湿并重的原则，邪正兼顾，特别是对于湿热下注型患者疗效更为明显。消除易感因素疗法，如避免长期使用抗生素、免疫抑制药、解除尿路梗阻，控制糖尿病等使机体抵抗力下降的疾病，尽量减少导尿及长期保留尿管等。
碱化尿液治疗，口服一些感化尿液类的药物，可以碱化尿液，抑制真菌生长的环境。GPH基因递进增强疗法，针对病毒有极强极复杂生物基因链因此生殖感染易反复发作不容易痊愈的特点从基因分子生物学角度破坏病毒的基因生物链达到治疗的目的。
多吃蔬菜瓜果及时补充维生素，多到户外运动多锻炼，不要吃油腻味道辛辣的东西，目前的症状表现分析真菌感染还是可以治好的，复发可能是治疗不彻底，或者治好后接触病原体造成的。
这种疾病首先的注意局部卫生，保持局部干燥，避免经常湿水，可以用药物涂抹，没有症状以后，最少再用一周，避免死灰复燃。注意皮肤卫生，不要接触猫狗等动物，如果有脚气也需要同时治疗。
