CT比核磁共振准确，不是核磁共振就比CT好，需要结合具体的疾病以及检查的部位。如果是发病的急性期，怀疑颅脑出血、蛛网膜下腔出血，CT是首选的检查。头部的核磁共振在检查脑梗死上，较头颅CT而言更加精确。
脑部CT和核磁共振相比较，肯定是CT有辐射，而核磁共振没有辐射。因为CT的检查原理是通过X射线来进行扫描，这个检查是有辐射，无论做什么部位都有射线。而核磁共振的检查原理是通过磁场来进行扫描，没有辐射。所以这两个检查的原理不一样，CT有辐射。
胸部核磁共振在胸部主要用来检查肋骨、脊柱。了解肋骨是否存在骨损伤，是否存在肋骨骨折，若存在肋骨骨折，可了解是陈旧性肋骨骨折或者是新鲜肋骨骨折；了解脊柱是否存在压缩性骨折及骨折的情况，还有是否存在脊髓损伤。胸核磁共振在肺部的应用很少，因肺多为含气囊腔，都用CT检查，核磁共振对肺部的检查效果不佳。核磁共振还可以用于纵隔脏器的检查。
ct对人体的辐射，自然是最大的。ct是利用X光X线进行CT检查，然后通过电脑进行综合比较，得到的结果。一般的ct检查，相当于几次或几十次的x光照射，因此，如无特别需要，不宜频繁的ct。而核磁共振仪则是将人体内的电磁波信号收集起来，然后用影像来显示。目前还没有相关的医学记录来证明电磁对人体的伤害。
婴儿进行核磁共振通常是没有明显危害的，可以在医生指导下正常进行，无需特别处理。
对于婴幼儿来说，核磁共振是一种非常安全的检查方法，是一种使用高场强磁场进行检测的仪器，通常不会对人体造成任何的伤害，在临床上是一种常用的检查方法。但是磁共振检查耗时较久，噪声较大，婴儿可能不能配合检查，要先进行镇静。需要注意的是，当通过磁共振发现幼儿患有某些疾病的时候，最好是可以尽快的进行治疗，并且在选择药物的时候也应该要慎重。
核磁共振。这两种检查的基本原则是不同的。电脑控制下的x光扫描人体的身体层。增强扫描是一种造影剂的注射，主要检查肝内血管和占位性病变。核磁共振是一种通过收集磁共振现象产生的信号来重建图像的成像技术。肝脏检查和腹部平增强扫描可以，磁共振成像对判断肝脏肿瘤也很有帮助。