肾积水的排出首先要找出积水的病因，治疗方法也是根据病因来的。看梗阻的性质，如先天性肾盂输尿管狭窄，应狭窄段切除并做肾盂输尿管吻合。如果是肾输尿管结石可行体外冲击波碎石，经皮肾镜，一般是要在全麻下俯卧位做。位置好的一般手术时间一个小时左右。
轻度肾积水的治疗的方法得取决于其基础疾病，如果是肾结石，则可以采用药物治疗、体外冲击波碎石治疗或者手术治疗。如果是肾盂输尿管连接处狭窄，通常采用手术治疗。如果前列腺增生引起，可以服用药物治疗。
肾积水的临床主要症状有结石疼痛、肿瘤血尿、尿道狭窄、排尿困难等。水的侧面在腰部膨大。复杂的感染包括寒战、发烧和脓尿。腰部囊性肿块在患侧。双侧慢性肾功能不全梗阻，尿毒症。腰痛腰囊性肿块。肾体积增大，皮质变薄，实质液暗区。X光静脉尿路造影显示肾积水。
一般情况下出现这种现象是很难恢复的，严重的肾积水有可能导致肾脏功能丧失，可以进一步的检查一下肾脏的功能情况，可以进行手术治疗。为了避免积水对肾脏的影响，及时恢复肾功能的作用，在饮食方面，不宜过多进食含蛋白质丰富的食物.能量的摄入主要依靠碳水化合物及脂肪类食物。
发现儿童轻度肾积水，需长期密切观察，定期进行超声检查，根据肾积水变化，决定治疗方案，如3-6个月一次，若肾盂无明显变化，可改为至少一年一次，多数患者恢复良好。部分患儿肾积水可随生长发育逐渐加重，必要时可进行手术干预治疗，如超声检查轻度肾积水，由5mm、1cm肾盂扩张逐渐变成2.0cm以上，肾皮质薄、肾盂张力高，此时需手术治疗。
肾积水根本原因就是梗阻导致的，要排除肾积水，最快捷的方法就是解除梗阻，比如，如果是结石导致的，尽快碎石、清石，如果是输尿管肾盂连接部狭窄导致的，尽快解除狭窄，手术治疗，如果是炎症导致的，尽快抗炎治疗等。