结石疼痛大部分见于输尿管结石。输尿管结石引起疼痛主要是因为结石堵塞输尿管后引起输尿管痉挛，输尿管痉挛可引起急性剧烈疼痛，一般为绞痛，多合并有恶心，呕吐等症状。肾结石及膀胱结石，一般不会引起痉挛，所以疼痛较少见，如果有疼痛一般是隐痛，不会剧烈疼痛。
碎结石痛，患者有轻微的疼痛感，可以忍受的。对泌尿系结石的治疗分为体内碎石和体外碎石。体外碎石是最常用的非手术治疗方式，是利用设备将能量聚集在结石的部位，击碎结石以后随尿液排出体外。
肾结石疼痛主要常位于患者的脊肋角、腰部、上腹部，多数呈阵发性，亦可为持续性。钝痛主要表现腰部酸胀不适、隐痛等，活动或劳动可促使疼痛发作或加剧。此外，严重时患者面色惨白，出冷汗、脉细而速，以至血压降落呈休克状态。同时多半有恶心呕吐、腹胀便秘。绞痛发作时，尿量减少，缓解后可有多尿现象。
激光打结石不痛，小于0.5毫米的结实，完全不需要做手术，可以通过一些喝水的方式，大量的喝水都可以排出身体外的，如果是非常大，那么可以选择手术，就像一些激光之类的，肯定也是没有任何的疼痛感，而且在做手术的时候，医生会给打麻药的。
3-5天，碎石后还会痛几天与病人的碎石手术方式，和病人的身体综合素质、小石头的多少、小石头排除的速度、是否用药、病人的喝水多少等因素有关。尿道结石体外碎石后如果排石干净应该不会再疼痛。