阴茎短小根本的原因是遗传基因的影响。另外包皮过长会阻碍阴茎的发育。后天性的阴茎短小，主要是因睾丸萎缩引起，青少年发育期间摄入的锌原素、雄性激素、维生素E和相关蛋白营养不足，缺乏后天能量补充，起不到壮大性器官的作用。
阴茎大小和个人体质遗传有关系，正常成人的阴茎在疲软状态下有7-9厘米，勃起以后大概就是11-16厘米。如果疲软状态下小于5厘米，而且勃起时小于10厘米，才能叫阴茎短小。作为大多数男性来讲，性成熟期是18周岁，基本发育就差不多了。
引起阴茎短小的原因主要是阴茎先天性的发育不良，包括包茎，隐匿性阴茎。也有可能是由于海绵体的病变导致海绵体萎缩，海绵体硬化，出现阴茎短小。多见于阴茎外伤，或者是高血压糖尿病。
根据孩子的症状，应该属于假性隐匿性阴茎，有可能是先天发育异常造成的，也有可能是孩子肥胖等原因造成的。对于孩子现在的情况，是不需要进行治疗的，如果青春期后还有隐匿性阴茎的症状，可以手术进行治疗，你家孩子要合理喂养，适当的补充维生素D。
特发性小阴茎，原因至今不明。男性出现阴茎短小跟睾丸健康也有关系，平时大家需要注意一些睾丸疾病的出现。而且要注意全面的进行调节身体，避免造成自身健康受到影响，=有效增强身体素质，避免造成更多困扰。
男人的阴茎的长短与种族、家族、遗传、以及青春期营养状况、地域、个体差异等有关。一般来讲，阴茎主要在青春期发育，过了青春期基本不再生长。如果要想增长，只有靠手术来延长或植入假体，药物或其他方法延长的可能性不大。所以阴茎短小患者在饮食上并没有特别的注意，平时注意避免辛辣刺激。