植物神经功能紊乱症目前的病因还并不是太清楚，是一种功能性的治疗。治疗除了尽量放松心情、减轻心理压力，有必需也可以用现代中医辨证论治，疗调并济，全面调理，便秘可用选择性的肠胃道的药物等。
通常情况下，肠胃神经紊乱患者可以按照医嘱用保护胃黏膜的药进行治疗。具体情况分析如下：
肠胃神经紊乱患者可以按照医嘱用保护胃黏膜的药，比如曲美布汀片、养胃舒、肠炎宁等，等进行调理治疗。
肠胃神经紊乱患者配合治疗的同时，还应注意休养，避免劳累，注意保暖，多喝热水，多食用清淡的高蛋白食物，可以适当的进行运动，比如做操、散步、打太极等，促进身体恢复的同时，还能提高免疫力。
胃肠功能失调可以通过饮食来调理，如果不能通过食物调理，可以口服乳酸菌素片，多酶片，吗丁啉，促进肠胃蠕动，还可以口服奥美拉唑、双歧杆菌等。
患者还可以口服消化酶、复方消化酶胶囊等促进消化的药物，在服药期间要注意饮食方面要注意清淡，容易消化的食物，不能吸烟，不能喝酒，要积极乐观。如果不能通过药物治疗，可以选择促胃肠动力药、泻药、盐水灌肠等方式进行治疗。
孕妇可以谨慎使用洗面奶，应选择孕妇专用洗面奶，或者是成分非常单一的，像纯植物的洗面奶或者是保湿的洗面奶。不要选择其他成分非常复杂的洗面奶，因为洗面奶当中可能会含有芦荟、红花等成分，这些成分物质具有活血化瘀功效，可能导致胎儿出现畸形等现象，所以不应孕妇使用。
通常没有“肠道紊乱用什么药最好”的说法，患有肠道紊乱，患者用以下药比较好：
如果有肠道紊乱，可以服用肠炎宁、胃肠灵胶囊药等来调理胃肠粘膜，还可以服用乳酸菌素片、乳酶生片等药进行治疗。出现了感染，可以服用一些抗细菌的药物，在服用过程中要避免食用辛辣刺激的食品。平时要多做运动，加强身体素质，同时要做好肚子的保温工作，避免感冒。
一般情况下，胃肠道功能紊乱可以用六味安消、双歧杆菌、乳酸菌片等药，具体内容如下：
不良饮食习惯可能会患者的胃肠道功能产生影响，可能导致胃肠道菌群失调，从而出现胃肠道功能紊乱的情况。此时，患者可以使用六味安消、双歧杆菌、乳酸菌片等药来进行治疗，但是，患者需要遵医嘱使用这类药物，以免对患者的胃肠道产生刺激。