肛周脓肿对人体危害极大，可导致贫血、皮肤湿疹、肛门功能失常、败血症、毒血症、脓毒血症、植物神经紊乱等并发症，还可以引发妇科炎症等妇科疾病，导致阳痿、早泄、遗精等性功能障碍，甚至诱发直肠癌。
肛周脓肿手术后，有可能复发，因感染处出现新的脓肿，加上好的不彻底，经久不愈。平时避免刺激性饮食，保持大便通肠；勤换内裤，保持肛门部位清洁；避免剧烈活动、久蹲等，如发现不适，请立即就诊。
肛周囊肿是细菌感染引起的，疾病痊愈之后需要注意肛周清洁卫生，平时出现瘙痒或不适症状时候，保持局部透气可以预防复发。饮食上面多吃纤维和维生素高的食物，少吃辛辣饮食，保持良好的排便习惯。平时也要适量锻炼，不要久坐。
药物治疗和手术治疗，但是药物治疗只能缓解症状，手术治疗才能治得好肛周脓肿。很多发病后都寄希望于通过药物进行治疗。肛周脓肿药物治疗其实是一种误区，肛周脓肿用什么药都无法治好，只能缓解。很多由于害怕手术的疼痛，往往选择药物保守治疗肛周脓肿，结果却容易越治越重，越治越“漏”，本来只有一个瘘口却变成了两个三个乃至更多的瘘口，得不偿失。
肛周囊肿不主要治疗手段其实还是手术，在手术过程中除了要充分切开脓腔来达到脓液引流外，还要进行有效、精准的去探查引起脓肿发生的感染源头，也就是说脓腔的脓肿引起的内口。手术完成之后，还要在专科医生以及护士指引下进行比较充分良好的换药，才能够有效避免其复发。