根治性手术：将子宫、双附件及盆腔内所有异位内膜病灶予以切除和清除，适用于45岁以上重症患者。保留卵巢功能手术：切除盆腔内病灶及子宫，保留至少一侧或部分卵巢。适用于III、IV期患者、症状明显且无生育要求的45岁以下患者。
可以采用药物治疗或手术治疗，减灭和去除病灶，缓解和消除疼痛，减少和避免复发。常用的药物治疗有，口服孕激素类药物的假孕疗法和假绝经疗法。手术治疗需要根据病人的年龄和有无生育要求来确定手术方式。
宫内膜异位症的治疗以西药为主，有生育要求，尽量在医生指导下尽快怀孕，对子宫内膜异位症有治疗作用。可以彩超监测卵泡的情况，尽量排卵期同房，同房后抬高臀部，以提高受孕的几率。
应对孕期子宫内膜异位症需要根据自身情况进行处理。
在怀孕的时候出现了子宫内膜异位症，可以暂时不进行处理，在孕期，病情通常不会恶化。孕妇的身体会产生很多孕激素，这种激素会让疾病不会在妊娠中恶化，相反会导致其增长缓慢，甚至会发生收缩，如果子宫内膜异位症妊娠，可以通过生理疗法来控制。另外，如果出现了卵巢囊肿，如果没有明显的表现，可以不做任何的处理，如果出现了破裂或者急腹症，就应该及时就医。
有些子宫内膜异位症的病人，如果怀孕了，可以通过怀孕消除宫腔中的病变坏死、萎缩，从而减轻分娩后的不适，甚至还有希望痊愈。
如果有需要的话，可以及早妊娠，这样才能有效地治愈。同时也要避免出现医源性的内膜植入。特别是在生产的时候，不管是做了剖腹产，又或者是做了什么手术。要注意切口周边，防止子宫内的东西流入腹腔，也不要做手术时做手术。另外，在缝好的时候要注意不要刺破子宫，在关腹之后要注意清洗腹腔，以免出现医源性的异位内膜移植。对于有子宫内膜异位症的女性，最好要做好准备，才能达到一定的效果。
患有子宫内膜异位症可以使用中医治疗的方式来治疗的，子宫内膜异位症是指子宫内膜异位到子宫的浆膜层或者基层，从来再来月经的时候出现痛经的症状，平时的生活当中禁止食用生冷及辛辣刺激性的食物，不要过度的紧张和焦虑了加强营养。