如果囊肿非常小，没有引起临床症状，尤其是没有垂体激素水平下降的症状，一般不需要进行治疗，但一定要注意密切随访，定期复查。主要是根据囊肿的大小和临床症状，进行针对性治疗。
垂体囊肿可以通过手术去除，可以开颅手术采用额下外侧入路，另外一个是经鼻蝶手术，也就是通过鼻内镜手术。前者的手术创伤大，后者的创伤小一些。当然，囊肿是良性的病变，如果现在囊肿很小，没有影响垂体功能，是没有必要做手术的，这不会有什么特别的影响。只有囊肿非常巨大，对于垂体和视神经造成压迫出现明显症状的，才有必要做手术处理。
头部囊肿的治疗，主要是依照囊肿的性质及囊肿所生长的部位，决定相应的治疗方案，比如对于蛛网膜囊肿，是一种先天性疾病，对于大多数不需要特殊处理，定期随访观察即可。
脑下垂体蝶鞍部囊肿大多数是先天性发育异常造成的，会压迫脑垂体引起神经压迫症状，是有危险性的。病人应该及时到正规的医院进行检查，要注意休息，多吃新鲜的蔬菜和水果，尽量不要吃辛辣刺激的食物。
于皮脂腺囊肿引起的，可以到医院就诊，在医生的检查后采取手术切除治疗比较好，术后定期无菌换药及拆线，在医生的指导下口服药物预防伤口感染。治疗期间伤口不要接触水源，禁辛辣刺激食物禁酒。定期到医院复查以便及时调整药物治疗。
头部有囊肿的治疗是应该进行手术切除的，脑囊肿是指脑组织与其附属物形成囊性肿物，并产生不同程度的脑压症状的病症。脑囊肿属良性赘物，因其体积庞大产生对脑压迫，形成脑的占位病变之一。