如果是隐匿性肾小球肾炎，没有水肿，没有高血压，肾功能稳定，只有少量的血尿或者蛋白尿，无需特殊的药物治疗，只要避免劳累、感染以及肾损伤的药物，定期的监测血压，监测24小时的尿蛋白定量，内生肌酐清除率。
肾炎的治疗原则包括去除诱因，一般治疗，针对病因和发病机制的治疗，合并症及并发症的治疗和肾脏替代治疗。针对免疫发病机制的治疗，常包括糖皮质激素及免疫抑制剂治疗。血液净化治疗如血浆置换、免疫吸附等有效清除体内自身抗体和抗原抗体复合物。
肾炎如果说是急性肾小球肾炎，因为急性肾小球肾炎主要是由感染所引起的，这时候主要应该是控制感染，控制感染以后，包括细菌的感染或病毒的感染，再给予相应的其药物的治疗。如果肿得特别厉害，病人一定要控制盐的摄入量，不能吃太咸的东西。
肾炎可以使用药物来控制炎症反应，临床上比较常用的药物有免疫抑制剂类药物。还需要注意减轻肾脏的负担。肾炎一般还会伴有一些感染、高血压症状的发生，所以在治疗的时候也要密切注意这些症状的发生。饮食上要注意不要吃盐分多的食物，喝水要适量，以免造成水肿的症状加重。
肾炎多采取综合治疗的方法，包括饮食治疗，如低盐低脂、优质低蛋白饮食，激素、免疫抑制剂治疗，对症治疗如降血压、利尿、消肿，以及中医药治疗，晚期患者需要肾脏替代治疗，包括血透、腹透、肾移植治疗。