可以考虑手术治疗。手术方法以显微镜下切除囊肿壁，严密缝合囊肿，以蛛网膜下腔的通道为主要治疗策略。对无症状者以及MRI显示囊肿和临床症状不明显者，一般不需要处理，可先行观察。
通常对于囊肿的治疗来说，首先要彻底分清区分囊肿是属于良性还是恶性的。如果囊肿是良性的，没有必要担心了，可以通过口服一些中药进行保守治疗慢慢调养。但如果囊肿是恶性的话建议要尽早采用手术的治疗方式进行治疗，如果手术治疗方式效果不佳的话，还可以再生全身化疗的方式，这些方法就可以彻底治疗囊肿。如肾脏囊肿，若是4cm以上的肾脏囊肿，可以通过腹腔镜手术就可以治疗；4cm以下的肾脏囊肿，也可以通过B超定位下穿刺进行治疗。
囊肿不会癌变，但有些癌在病变过程中会长成囊肿。囊肿的囊壁是一层膜状结构，其内皮有分泌功能，能分泌浆液，如腱鞘囊肿、肾囊肿等，这些囊肿是良性病变，不会癌变。而在一些癌性病变，当肿块中间发生缺血坏死，坏死组织液化并被包裹，形成囊性结构，或一些恶性病变中具有一定的分泌功能的癌细胞逐步增长，形成囊性结节，就是癌性囊肿，如粘液囊腺癌。
宫颈囊肿附件囊肿可以采纳激光治疗，或做囊肿切除术。减少刺激性食物，忌油腻，忌饮酒，忌海鲜，忌腥荤及发物，多食水果蔬菜。平时应注意个人卫生，注意锻炼身体，适当注意营养卫生，保障身心健康，保持外阴清洁，防止病原体侵入引起发病。
脑囊肿是指形成囊性质量在脑组织及其附件，和大脑发生不同程度的压力的状况。脑囊肿是一种良性肿瘤。由于其体积大，它会引起大脑的压缩，形成一个占据大脑的损伤。他们都是良性病变。他们通常无症状，也可以是头痛等。药物只能对症治疗，不能消除囊肿。应该首先观察症状治疗的一个阶段。当囊肿较大或症状较重，可以切除。
骶椎椎管囊肿可以用一切不开刀的治疗方法，阻止病情的发展，常用的方法有在专业医师的指导下应用中西医各种药物，针灸、推拿、牵引、正骨等综合治疗。长期坚持腰背肌功能锻炼，避免久坐弯腰，注意定期复查。
