腱鞘囊肿手术时应根据囊肿所在部位设计切口大小、长度及方向。一般情况下，医生都会沿着皮纹的方向，或者是比较隐蔽的地方，将囊肿完全切除。会不会留下疤痕，要看切口的大小和患者的体质，大部分人都会留下疤痕，也有少部分患者会因为疤痕体质而出现疤痕增生。任何侵入性手术都会在患者身上留下疤痕，包括腱鞘囊肿手术。疤痕是无法避免的，但是可以通过手术来保留疤痕，腕关节部位的腱鞘囊肿手术用腕关节镜，踝关节镜手术后只留一只眼。另外，在做完正常的腱鞘囊肿手术后用美容缝合可以减少疤痕的形成。术后可以使用尿素维E乳膏等药膏淡化疤痕。如果是疤痕体质，疤痕比较大，可以做消疤手术。
腱鞘囊肿绝大部分不癌变。
如果出现症状时没有得到及时正确地处理的话，就会对人造成一定的影响和伤害。这个几率是很低的。一旦发现有了腱鞘囊肿，就应该立即到专业机构做进一步检查。有这类病的人，不要心理压力过大。同时还要注意定期复查关节情况以及周围组织器官变化等。应及早到二级及以上医院骨科就诊，与医生合作积极救治，力争尽早让囊肿位置退去。此外，当病情达到减轻后，必须听医生的话，预防腱鞘囊肿的复发。
足背腱鞘囊肿手术后通常会留疤。
如果足背上的腱鞘囊肿比较小，一般不会对局部造成明显影响，通常不会出现疼痛的情况，可以继续观察，暂时无需进行手术。但是，如果足背的腱鞘囊肿比较大，或在短时间内明显增大，通常需要进行手术来治疗，以切除腱鞘囊肿。这种治疗方法通常会留下疤痕，但由于操作方法、具体病情、个人体质等因素存在差异，留下的疤痕的状态并不完全相同。
腱鞘囊肿未受到刺激可能不会长大，但如果受到刺激，则可能会长大。
腱鞘囊肿一般不会造成明显的增大，但如果局部受到外伤的刺激，或是经常活动手指手腕，就有可能导致腱鞘囊肿的扩大，扩大后会出现局部的疼痛，甚至造成局部血管神经的压迫。建议患者要积极的注意休息，避免手指手腕的过度活动，同时不要吃油腻、辛辣的食物。
腱鞘囊肿可能会一直长，也可能额不会长。
肌腱鞘囊肿可能是腱鞘囊肿没有与关节室或鞘膜腔相连，只见于手足及腕关节部位，这种腱鞘囊肿不能持续增长，并且增长很慢。如果腱鞘囊肿与关节腔或鞘膜腔相连，并且在腕关节、膝关节内侧，则腱鞘囊肿可以持续增长，并且可能会快速的增长，需要到医院进一步检查并治疗。
患者平时应该不要吃刺激和油腻的食物，保持合理的饮食，多吃富含钙质的食物。
腱鞘囊肿在脚背上不会有危害的，在脚背上有碍穿鞋，要是大了，走路会有不便。要是较小，可暂不治疗，要是较大，可以用外力压破囊肿，但易复发，也可以手术治疗，复发率也小。
