肾病二期的治疗主要包括三方面，对因治疗、对症治疗和对肾脏病本身的治疗，如上呼吸道感染等引起的急性肾小球肾炎，对因治疗时需控制感染，病人出现浮肿时，需控制饮水量，适当增添利尿剂，出现高脂血症时，需积极进行降脂治疗及抗凝治疗，对肾脏病本身的治疗可采用激素。
如果患者病理穿刺为二期膜性肾病，患者应当在医生指导下应用相关药物进行治疗。对于一些初发的、表现为非肾病范围内的蛋白尿，而且是肾功能正常的患者，可以暂时不应用免疫抑制剂进行治疗，可以进行非特异性治疗。如可以应用控制血压、减少蛋白尿、抗凝等药物进行治疗，同时密切观察患者病情进展。
膜性肾病二期并不严重，但治疗比较顽固，少部分患者自行缓解，大部分患者需要激素联合免疫抑制药物。膜性肾病，是导致成人肾病综合征的一个常见病因，主要的病理学改变是肾小球毛细血管袢上皮侧可见大量免疫复合物沉积。
如果效果一般，可以考虑更换免疫抑制剂。现在膜性肾病应用较多的方案，糖皮质激素加他克莫司。膜性肾病尿蛋白不是很高的时候，是可以不应用免疫抑制剂观察和治疗的。
膜性肾病二期不是特别严重，属于肾病的早中期阶段。膜性肾病分为三期，二期的临床表现主要为肾病综合征或者无症状性蛋白尿。说明对肾脏有病理性损害，需要积极使用药物治疗。